Fundacja prowadzi działalność zgodnie z celami zawartymi w statucie, posiada osobowość prawną i jest podatnikiem CIT. Na inicjowanie działalności innowacyjnej otrzymała dofinansowanie ze środków publicznych w formie dotacji celowej (wkład krajowy) oraz płatności ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Otrzymane środki zgodnie z projektem zostały przeznaczone na obejmowanie akcji lub udziałów w spółkach powstałych w wyniku preinkubacji.
Fundacja tłumaczyła, że zgodnie z umową o dofinansowanie oraz przepisami jest zobowiązana do przeznaczania wpływów pochodzących ze zbycia akcji lub udziałów nabytych uprzednio ze środków z dofinansowania oraz z udziału w zyskach spółki powstałej w wyniku preinkubacji na dalsze inicjowanie działalności innowacyjnej. Po okresie pierwotnej inkubacji będzie uzyskiwać wpływy ze sprzedaży objętych, w ramach środków pomocowych, udziałów albo akcji, lub jako zyski z udziałów w inkubowanych spółkach. Zyski te ponownie przeznaczy na dalsze inicjowanie działalności innowacyjnej, aż do całkowitego wykorzystania środków pochodzących z projektu i uzyskanych z gospodarowania tymi środkami. Fundacja zapytała, czy dochody uzyskane ze zbycia akcji lub udziałów nabytych uprzednio ze środków publicznych, w tym unijnych, oraz z udziału w zyskach spółek powstałych w wyniku preinkubacji, przeznaczonych na dalsze inicjowanie działalności innowacyjnej, będą zwolnione z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 53 ustawy o CIT.
Sama uważała, że tak. Jednak fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Jego zdaniem to, że kwoty opisane we wniosku nie korzystają ze zwolnienia, wynika z literalnego brzmienia przepisu. Zgodnie z jego treścią zwolnione z opodatkowania są wyłącznie środki otrzymane przez uczestnika projektu jako pomoc udzielona w ramach programu finansowanego z udziałem środków europejskich, o których mowa w ustawie o finansach publicznych. Środki te korzystają zatem ze zwolnienia w momencie ich otrzymania. Dochody uzyskane z późniejszego gospodarowania tymi środkami i ich inwestowania to dochody uzyskane z samodzielnych (odrębnych) zdarzeń, których konsekwencje podatkowe są oceniane odrębnie w momencie ich zaistnienia.
Fiskus podkreślił, że ograniczenie możliwości dysponowania uzyskanymi środkami nie może modyfikować źródła ich uzyskania. Konieczna jest każdorazowa identyfikacja i ocena charakteru zdarzeń generujących dochody.
To niekorzystne dla fundacji stanowisko najpierw zaakceptował sąd pierwszej instancji, a potem Naczelny Sąd Administracyjny. Sąd kasacyjny zgodził się, że z treści spornej regulacji wynika jednoznacznie i bez wątpliwości, że dotyczy ona otrzymanych – wskazanych w niej – środków finansowych. Wymienione „otrzymane środki" są objęte zwolnieniem podatkowym. Nie oznacza to jednak, że zwolnienie obejmuje również środki otrzymane z gospodarowania tymi (pierwszym) środkami w postaci przychodów z akcji lub udziałów, na które zostały wykorzystane. Otrzymanie środków, czyli w tym przypadku uzyskanie przychodu z akcji lub udziału albo z ich zbycia, nie jest bowiem tym samym zdarzeniem, co otrzymanie środków, z których te akcje i udziały zostały objęte.
