WSA doszukał się wielu uchybień. Decyzję uchylił i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Sąd uznał, że z zebranego materiału dowodowego znajdującego się w aktach sprawy ani z uzasadnienia decyzji oraz orzeczenia SKO nie wynika, jaki był powód wycięcia drzew oraz czy akacja faktycznie obumarła i nie ma szans na jej przeżycie z przyczyn niezależnych od posiadacza nieruchomości.
Według WSA rację ma skarżąca, że w okresie zimowym rzetelne ustalenie, czy drzewo obumarło, nie jest takie oczywiste.
Zarzucił też, że do wniosku w sprawie wycinki dołączono mapę, na której zaznaczono odręcznie (czerwonymi krzyżykami) usytuowanie drzew przeznaczonych do usunięcia. Jednakże nie wskazano, które z nich to robinia akacjowa, a które to pozostałe dwa drzewa objęte wnioskiem. Na mapie (ani w żadnym innym dokumencie znajdującym się w aktach sprawy) nie oznaczono choćby przybliżonej odległości akacji od budynku, któremu miałaby zagrażać. WSA miał także zastrzeżenia do dokumentacji fotograficznej wykonanej podczas oględzin. Jego zdaniem nie została właściwie opisana.
Nie oznaczono drzew przeznaczonych do usunięcia. Nie wynika z niej także, aby głogi dwuszyjkowe rosły „w dużym zagęszczeniu drzew", jak to wskazano we wniosku.
WSA odniósł się również do stwierdzenia zawartego w decyzji prezydenta o „znikomej wartości przyrodniczej" usuniętej akacji oraz stwierdzenia, że organ kierował się przy wydaniu decyzji „interesem społecznym i słusznym interesem obywateli". Jego zdaniem interes społeczny i interes obywateli jest w tej sprawie tożsamy z zasadami ochrony przyrody i podlega silnej ochronie konstytucyjnej.
Z akt wynika, że akacja była drzewem dużym. W mieście, jakim jest Kraków, o znacznym stopniu zanieczyszczenia powietrza, zgoda na usunięcie każdego drzewa, szczególnie drzewa dużego, którego odtworzenie jest praktycznie niemożliwe w obecnych warunkach przyrodniczo-klimatycznych, powinna być szczególnie ostrożnie wydawana, po przeprowadzeniu wnikliwego postępowania dowodowego.
