Spółka zajmuje się produkcją rolną trawników rolowanych oraz systemów zielonych dachów. Jej przeważająca działalnością są pozostałe uprawy rolne inne niż wieloletnie. Wytwarzane produkty rolne przy sprzedaży są opodatkowane 8-proc. stawką 8 VAT. Są sprzedawane zarówno na miejscu, jak i z dostawą do klienta. Cena towaru nie zawiera kosztów dostawy. Cennik towarów i usług też nie zawiera kosztów transportu. Spółka sama nie świadczy usług transportowych. Towary wysyłane są transportem realizowanym przez firmę zewnętrzną. Każda transakcja sprzedaży towarów jest dokumentowana fakturą VAT. Spółka miała wątpliwości jak prawidłowo rozliczyć VAT od usług transportowych.
Wyjaśnienia fiskusa tylko częściowo potwierdziły przypuszczenia podatniczki. Zdaniem organu koszty transportu nie są samodzielną usługą, lecz elementem podstawowej czynności, jaką jest sprzedaż towarów. Nie powinny być więc wykazywane w odrębnej pozycji faktury dokumentującej sprzedaż towarów. Umieszczenie na fakturze w osobnych pozycjach kilku różnych świadczeń może sugerować, że przedmiotem sprzedaży było kilka odrębnych świadczeń, a nie jedno kompleksowe.
Firma nie zgadzała się z taką wykładnią przepisów. W jej ocenie z tego, że koszty transportu towaru są częścią podstawy opodatkowania dla ich dostawy nie wynika, że sprzedawca nie może wskazać na fakturze kosztów transportu w osobnej pozycji od towaru, przy takiej samej stawce VAT, ani obok kilku pozycji towarów opodatkowanych różnymi stawkami – kosztów transportu proporcjonalnie rozbitych w kilku osobnych pozycjach, w których wskazano różne stawki odpowiadające sprzedaży poszczególnych towarów.
Do tego poglądu spółka nie przekonała jednak Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wielkopolskim. Jego zdaniem nie sposób ocenić prawidłowości uwzględnienia w fakturach określonych zdarzeń gospodarczych w oderwaniu od zasad opodatkowania. Zapisy zamieszczone w fakturach powinny być dokonywane w zgodzie z obowiązującymi przepisami prawa.
WSA wskazał na art. 29a ust. 1 oraz art. 29a ust. 6 ustawy o VAT. Zgodnie z nimi koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę, wchodzą do podstawy opodatkowania czynności podstawowej. Ustawa jako regułę (a nie wyjątek) uznaje więc doliczanie kosztów dodatkowych do podstawy opodatkowania czynności podstawowej. Tylko przykładowo wskazuje na rodzaje kosztów, jakie są wliczane do podstawy opodatkowania czynności podstawowej. Także inne koszty dodatkowe mogą być więc do niej wliczane. Świadczenia – w zakresie przykładowych kosztów – w niektórych sytuacjach mogą być potraktowane jako odrębne.