Z kolei, w przypadku eksperymentu badawczego organy uznawały, że jego zasadniczym celem jest rozszerzenie wiedzy medycznej, np. na temat konkretnego leku, którego działanie nie jest do końca znane. Służy on przede wszystkim określeniu skuteczności i bezpieczeństwa badanego produktu leczniczego. Nie można przy tym wykluczyć, że eksperyment badawczy będzie miał pozytywne skutki dla zdrowia pacjenta, jednak jego zasadniczym celem nie jest profilaktyka, zachowanie, ratowanie, przywracanie i poprawa zdrowia. Z tego względu nie korzysta on ze zwolnienia z opodatkowania VAT.
Takie stanowisko należałoby uznać za prawidłowe, gdyż uwzględnia ono brzmienie przepisów ustawy o VAT, odnoszące się do przesłanki przedmiotowej. Następuje bowiem rozróżnienie eksperymentów na podstawie kryterium celu takiego badania. W konsekwencji, gdy głównym zadaniem eksperymentu jest osiągnięcie rezultatu terapeutycznego, można skorzystać ze zwolnienia.
Niekorzystna zmiana po wyroku NSA
To rozsądne podejście organów podatkowych zmieniło się po wyroku NSA z 20 czerwca 2012 r. (I FSK 406/12). W orzeczeniu tym NSA stwierdził, że zasadniczym celem prowadzenia badań klinicznych nie jest sprawowanie opieki medycznej służącej profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia. Badania kliniczne przeprowadzane na ludziach są częścią długotrwałego procesu wprowadzania do produkcji i sprzedaży produktów leczniczych sponsora prowadzącego działalność gospodarczą. Służą wprowadzeniu leku na rynek i nie mogą korzystać z preferencji podatkowych. NSA wyraźnie zaznaczył, że dla kwalifikacji usługi wykonywania badań klinicznych bez znaczenia jest to, czy owe badania stanowią eksperyment leczniczy, czy badawczy. Nie ma przy tym znaczenia, że w wyniku badań klinicznych pacjenci mogą i często odnoszą korzyść w postaci poprawy ich stanu zdrowia.
W wyniku wydania tego orzeczenia przez NSA, sądy oraz organy podatkowe zaczęły odmawiać podatnikom prawa do skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania w związku z przeprowadzaniem badań eksperymentalnych (np. wyrok WSA w Warszawie z 15 stycznia 2015 r., III SA/Wa 877/14 oraz z 11 kwietnia 2014 r., III SA/Wa 2729/13; interpretacja Izby Skarbowej w Katowicach z 6 lutego 2015 r., IBPP3/443-1335/14/LŻ). Jednak stanowisko to pozostaje błędne w sytuacji, w której nie bierze się pod uwagę charakteru przeprowadzanego eksperymentu. Eksperyment leczniczy powinien bowiem podlegać zwolnieniu z opodatkowania, gdyż jego głównym celem jest ratowanie zdrowia pacjenta.
Wyjątki od reguły
Mimo tego niekorzystnego dla podatników stanowiska, w wyjątkowych sytuacjach zapadały orzeczenia i wydawane były interpretacje dopuszczające zwolnienie eksperymentalnego leczenia z VAT. Dotyczy to sytuacji, w której, po pierwsze, badania kliniczne przeprowadzane są bez uczestnictwa sponsora, który płaciłby placówce medycznej za sprawdzanie skuteczności leków. Po drugie, terapia eksperymentalna sprowadza się w nich do ratowania zdrowia i życia pacjenta. Mamy zatem do czynienia z niestandardową, indywidualną terapią leczniczą, służącą konkretnemu pacjentowi, a nie z badaniami klinicznymi mającymi na celu wprowadzenie do powszechnego obrotu danego produktu leczniczego (wyrok WSA w Krakowie z 21 października 2015 r., I SA/Kr 1286/15). Poza tym zwolnienie z VAT przysługuje, gdy wykorzystanie testowanego preparatu nie ma charakteru hipotetycznego, lecz służy terapii konkretnego pacjenta i jest dostosowane do jego potrzeb. Ponadto, gdy preparat kupowany jest przez samego pacjenta i ma na celu przywrócenie bądź znaczącą poprawę jego zdrowia (interpretacja Izby Skarbowej w Łodzi z 28 grudnia 2015 r., IPTPP1/4512-359/15-7/S/AK).
Jednostkowy charakter
Jednak te korzystne dla podatników rozstrzygnięcia mają charakter jednostkowy. Poza tym przedstawiony powyżej wyrok WSA w Krakowie jest nieprawomocny, zatem trudno przewidzieć, jakie będzie stanowisko NSA w tym zakresie. Z ww. rozstrzygnięć wynika przede wszystkim, że zwolnienie przysługuje, gdy w badaniach nie uczestniczy sponsor, a terapia, która ma zindywidualizowany charakter, służy przede wszystkim ratowaniu zdrowia bądź życia pacjentów. W pewnym sensie można uznać, że następuje tutaj powrót do koncepcji podziału eksperymentów na lecznicze i badawcze, jednak z zastrzeżeniem, że w badaniu nie może uczestniczyć sponsor. Krakowski WSA w przytoczonym wyroku wyraźnie stwierdził, że dla rozliczeń VAT nie ma znaczenia, w ramach jakiego eksperymentu podawany jest badany lek, gdyż z punktu widzenia relacji sponsor – szpital chodzi o testowanie produktu i firma farmaceutyczna nie płaci szpitalowi wynagrodzenia za leczenie pacjentów, tylko za badania kliniczne skuteczności leków. Niemniej jednak wydaje się, że za wcześnie jest wyciągać daleko idące wnioski o zmianie podejścia sądów i organów do badań klinicznych. Trzeba przyjąć jako zasadę, że eksperymentalne leczenie nie korzysta ze zwolnienia z VAT. W drodze wyjątku pojawia się możliwość zastosowania zwolnienia, jednak bez uzyskania indywidualnej interpretacji przyjęcie takiej koncepcji jest bardzo ryzykowne. Ponadto, stanowisko to nie do końca jest poprawne. Fakt obecności sponsora w przeprowadzaniu badania nie powinien mieć wpływu na kwalifikację danej usługi w VAT. Często bowiem badania finansowane są przez sponsora, a ich głównym celem jest ratowanie zdrowia i życia pacjentów.