Spółka może stać się w przyszłości stroną umów najmu nieruchomości (zabudowanych i niezabudowanych). W umowach wynajmujący wyrażałby zgodę na przeprowadzanie przez nią zmian adaptacyjnych, prac o charakterze inwestycyjnym itp. Spółce ma przysługiwać zwrot nakładów. Dotyczyłby on wyłącznie tych nakładów, które mają u niej charakter środków trwałych lub wydatków zwiększających ich wartość. Prawo do zwrotu kosztów nakładów miałoby powstawać na koniec każdego przyjętego przez strony okresu rozliczeniowego. Firma zapytała m.in., w jaki sposób otrzymany w każdym okresie rozliczeniowym zwrot nakładów będzie wpływał na jej koszty podatkowe.
Odpowiedź fiskusa okazała się niekorzystna dla spółki. Uznał on bowiem, że skoro skarżąca otrzymuje zwrot nakładów na wytworzenie środków trwałych, to zastosowanie ma wyłączenie z art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT. Wynika z niego, że odpisy amortyzacyjne od tej części wartości początkowej środka trwałego, która została pokryta otrzymanym wsparciem finansowym, nie mogą być kosztem uzyskania przychodów prowadzonej działalności. Pozostała część niezwróconych wydatków jest kosztem podatkowym ujmowanym przez odpisy amortyzacyjne. Częściowe sfinansowanie zakupu (wytworzenia) środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych poprzez zwrot poniesionych wydatków pozostaje bez wpływu jedynie na ustaloną wartość początkową. Zatem wszelkie dotacje, subwencje, dopłaty lub otrzymane pieniądze będące zwrotem poniesionych przez podatnika wydatków na nabycie lub wytworzenie środków trwałych wchodzą w zakres art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT. Urzędnicy podkreślili, że przepis ma zastosowanie również w sytuacji, gdy wydatki na zakup (wytworzenie) środka trwałego zostały najpierw przez podatnika poniesione, a dopiero później zrefundowane. Fiskus wskazał, że spółce przysługuje prawo do zaliczania do kosztów odpisów amortyzacyjnych od poniesionych nakładów na składniki zaliczane u niej do środków trwałych w części, w jakiej nie otrzymała ona jeszcze zwrotu nakładów od wynajmującego. Natomiast zwróconą kwotę należy przyporządkować proporcjonalnie do wszystkich odpisów amortyzacyjnych za cały okres amortyzacji danego środka trwałego i w takiej części korygować koszty podatkowe w odniesieniu do już rozliczonych odpisów.
Spółka nie zgadzała się na wsteczne korygowanie kosztów. Zaskarżyła interpretację i wygrała. WSA we Wrocławiu uznał, że korekta odpisów amortyzacyjnych powinna być dokonana, począwszy od miesiąca, w którym spółka otrzymała zwrot nakładów.
WSA przypomniał, że celem art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT jest zapobieganie odpisom z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, gdy podatnik już uzyskał zwrot wydatków. Zauważył, że otrzymanie zwrotu w momencie przyjęcia środka trwałego do używania lub wcześniej nie budzi wątpliwości co do sposobu rozliczeń podatkowych. Inaczej jest w przypadku zwrotu nakładów po przyjęciu środka trwałego do używania i po rozpoczęciu amortyzacji. Przepisy o CIT nie rozstrzygają jednoznacznie, w jaki sposób to robić, tj. czy wystarczy jednorazowa korekta odpisów, na bieżąco, w momencie otrzymania zwrotu nakładów na środki trwałe, czy konieczna jest wsteczna korekta od miesiąca lub okresu, w którym rozpoczęto amortyzację.
W ocenie sądu literalna wykładnia przepisu nie prowadzi jednak do wniosku, że skutki podatkowe jego zastosowania trzeba rozliczyć wstecz. Ponadto trudno zgodzić się z tym, że korekta powinna dotyczyć okresów, w których ujmowano uprzednio odpisy amortyzacyjne. W takiej sytuacji należałoby korygować wcześniejsze rozliczenia podatkowe z wszelkimi konsekwencjami podatkowymi w postaci powstania zaległości i obowiązkiem zapłaty odsetek. Akceptacja stanowiska fiskusa oznaczałaby, że skarżąca zostałaby obciążona negatywnymi konsekwencjami podatkowymi, mimo że jej działaniu – na żadnym z etapów rozliczenia podatkowego – nie można zarzucić naruszenia prawa.
