1 stycznia 2018 r. ustawodawca wprowadził podział na dwa źródła przychodów w CIT, tj. przychody z zysków kapitałowych oraz przychody z innych źródeł niż zyski kapitałowe (przychody operacyjne). Jak wynika z uzasadnienia do nowelizacji, istotą tej zmiany jest ograniczenie optymalizacji podatkowej polegającej na sztucznym kreowaniu straty na operacjach gospodarczych przy użyciu posiadanego majątku oraz obniżaniu o wysokość takiej straty dochodów osiąganych w toku działalności operacyjnej podatnika. Istota podziału na źródła przychodów w CIT polega zatem na uniemożliwieniu kompensaty strat pomiędzy poszczególnymi źródłami przychodów.
Katalog przychodów z zysków kapitałowych co do zasady ma charakter zamknięty. Oznacza to, że kategorie przychodów niewskazane bezpośrednio w treści ustawy jako przychody z zysków kapitałowych należy zaliczyć do przychodów z innych źródeł.
W praktyce gospodarczej sprzedaż udziałów (akcji) w spółce posiadającej prawo własności do rezultatów prac badawczo-rozwojowych jest jednym ze sposobów na komercjalizację tych prac. Inne sposoby to np. bezpośrednia sprzedaż licencji czy świadczenie usług w tym zakresie. Jak jednak wskazuje analizowany wyrok, w świetle obecnie obowiązujących przepisów ustawy o CIT, takie rozwiązanie, które przyjął wnioskodawca w przedmiotowej sprawie, może nie być dla podatnika korzystne podatkowo.
Należy bowiem zauważyć, że przychody ze sprzedaży udziałów (akcji) zostały wskazane wprost w treści ustawy o CIT jako przychody z zysków kapitałowych. Wprawdzie w analizowanym przypadku celem zbycia przez wnioskodawcę udziałów w spółce celowej jest komercjalizacja rezultatów prac badawczo-rozwojowych (które, zasadniczo, powinny być zaliczane do przychodów z innych źródeł niż z zysków kapitałowych), to jednak – jak wskazuje bieżąca linia orzecznicza – przekazanie praw własności ma charakter akcesoryjny w stosunku do samej transakcji zbycia udziałów, która generuje przychód.
W ocenie organów podatkowych, nie ma przy tym znaczenia również to, że w tej indywidualnej sytuacji intencją wnioskodawcy było jedynie uniknięcie utrudnień związanych z przypisaniem nakładów na działalność związaną z inwestowaniem w rozwój aktywnie biologicznych cząsteczek do poszczególnych źródeł przychodów, a nie naruszenie celu samego przepisu, czyli przeciwdziałania rozliczaniu strat kapitałowych z zyskami z działalności operacyjnej.
Dodatkowo warto zauważyć, że z ekonomicznego punktu widzenia sprzedaż udziałów (akcji) umotywowana jest częstokroć właśnie intencją zbycia określonego rodzaju majątku lub przedmiotu prowadzonej działalności. Tym bardziej więc organy podatkowe nie są przychylne argumentacji podatnika, jakoby w tej indywidualnej sytuacji przychody ze sprzedaży udziałów w spółce celowej należało alokować do przychodów z innych źródeł niż z zysków kapitałowych, ze względu na cel ich zbycia, jakim jest komercjalizacja prac B+R. Taka interpretacja przepisów prowadziłaby bowiem potencjalnie do każdorazowego przekwalifikowania przychodów ze sprzedaży udziałów (akcji) stanowiących przychody kapitałowe do przychodów operacyjnych. W rezultacie przepis nie miałby praktycznego zastosowania.