Przytaczając przepisy ustawy oraz art. 12 ust. 1 dyrektywy 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, organ wyjaśnił, że dostawa budynków, budowli lub ich części jest generalnie zwolniona z VAT, ale wyjątek stanowi dostawa dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim oraz jeżeli pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą upłynął okres krótszy niż 2 lata. Pojęcie „pierwsze zasiedlenie" zostało zdefiniowane w art. 2 pkt 14 ustawy o VAT. Przepisy dyrektywy 2006/112/WE posługują się pojęciem pierwszego zasiedlenia, ale go nie definiują, ani nie wprowadzają dodatkowych określających go warunków. W konsekwencji pierwsze zasiedlenie należy rozumieć szeroko, jako „pierwsze zajęcie budynku, używanie".
Organ zgodził się, że polski ustawodawca dokonał zawężenia wymienionej definicji w porównaniu do definicji wspólnotowej. Zatem pojęcie to należy rozumieć szeroko, jako pierwsze zajęcie budynku, w tym również na potrzeby własnej działalności gospodarczej i w taki sposób powinna być odczytywana definicja przewidziana w art. 2 pkt 14 ustawy o VAT. Dokonując wykładni prounijnej, należy skorygować treść przepisu w następujący sposób: pod pojęciem pierwszego zasiedlenia rozumie się użytkowanie przez pierwszego nabywcę lub użytkownika budynków, budowli lub ich części, po ich wybudowaniu. Grunt dzieli byt prawny obiektów w zakresie opodatkowania VAT, zgodnie z art. 29a ust. 8 ustawy o VAT.
Skarga podatnika
Podatnik w skardze do sądu zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. art. 2 pkt 14 i art. 43 ust.1 pkt 10 ustawy o VAT przez odmowę zastosowania definicji ustawowej wynikającej z ustawy o VAT i nakazanie stosowania przepisu w zgodzie z przepisami wspólnotowymi. Podkreślił, że wskutek utrwalonego orzecznictwa TSUE doszło do sytuacji, w której jednocześnie obowiązują dwie normy prawne dotyczące sposobu opodatkowania dostawy budynku. Z jednej strony regulacja krajowa (art. 2 pkt 14 ustawy o VAT), która nakazuje doliczyć VAT przy sprzedaży nieruchomości użytkowanych wyłącznie na potrzeby własne, a z drugiej strony przepisy wspólnotowe pozwalające w zaistniałej sytuacji na zwolnienie dostawy z podatku.
W tej sytuacji podatnik do momentu zmiany treści art. 2 pkt 14 ustawy o VAT może zastosować obowiązujące w tym zakresie przepisy prawa krajowego albo też bezpośrednio przepisy dyrektywy, z uwzględnieniem wykładni pojęcia pierwszego zasiedlenia dokonanej przez TSUE. Organ nie ma podstaw w sporze z podatnikiem powoływać się na zapisy dyrektywy, gdyż ta została wadliwie implementowana. Nie może dojść do sytuacji, w której podatnik opodatkowuje sprzedaż budynku, a organ podatkowy to kwestionuje, uważając, że jest ona zwolniona, ponieważ krajowy ustawodawca błędnie wdrożył dyrektywę do polskiego porządku prawnego. Takie działanie jest sprzeczne z art. 217 Konstytucji RP i narusza podstawowe zasady prawa UE.
Wyrok sądu
Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał skargę za zasadną, a w uzasadnieniu bardzo szczegółowo dokonał analizy stosowania wykładni prounijnej prawa podatkowego w kontekście wyboru dokonanego przez podatnika.