Zasada ogólna
Jeżeli chodzi o moment rozpoznania samej ulgi B+R, to przepisy zasadniczo posługują się sformułowaniem, że odliczenie ma miejsce w roku podatkowym, w którym poniesiono koszty kwalifikowane. Jest to zatem zasada ogólna, z której wynika, że przedsiębiorca powinien na bieżąco rozliczać koszty kwalifikowane w ramach ulgi B+R.
Przez sześć lat
Jak wiadomo, ulga B+R podlega odliczeniu od podstawy opodatkowania, a zatem może oczywiście się zdarzyć, że przedsiębiorca nie wygeneruje takiego wyniku podatkowego, który pozwoli na pełne odliczenie ulgi od podstawy opodatkowania. W takim przypadku przepisy stanowią jasno, że koszty kwalifikowane odlicza się w ramach ulgi B+R w zeznaniach za kolejne sześć lat podatkowych następujących bezpośrednio po roku, w którym przedsiębiorca skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia.
Istnieje zatem wentyl bezpieczeństwa pozwalający na „odłożenie" ulgi do momentu, kiedy przedsiębiorca wygeneruje odpowiedni wynik podatkowy. Wówczas, zgodnie z przepisami, podatnik ma prawo do ujęcia ulgi „odpowiednio w całej kwocie lub w pozostałej części". Wynika z tego, że przedsiębiorca może rozliczyć kwotę pozostałą do odliczenia aż w sześciu kolejnych latach podatkowych. Maksymalnym okresem, w jakim ulga na działalność B+R może zostać rozliczona, jest zatem siedem lat podatkowych. (patrz rys. 1).
Trzeba jednak przy tym pamiętać, że nieskorzystanie z prawa do odliczenia ulgi B+R w ciągu sześciu kolejnych lat podatkowych następujących po roku, w którym prawo to zostało nabyte, będzie oznaczało utratę prawa do ulgi B+R. Będzie to miało miejsce chociażby w sytuacji, gdy podatnik będzie ponosił stratę podatkową przez cały okres posiadania prawa do ulgi B+R lub gdy osiągnie dochody jedynie z zysków kapitałowych, w przypadku których odliczenie ulgi B+R nie przysługuje
Przepisy podatkowe nie zawierają żadnych szczególnych postanowień w zakresie sukcesji prawa do skorzystania z ulgi B+R w przypadku przekształceń przedsiębiorstwa w okresie posiadania przez niego prawa do ulgi B+R. W tym przypadku znajdą więc zastosowanie ogólne regulacje w zakresie praw i obowiązków następców prawnych oraz podmiotów przekształcanych.
Inaczej dla rozpoczynających
Od zasad tych istnieje odstępstwo będące ukłonem w stronę przedsiębiorstw rozpoczynających działalność, którzy w roku rozpoczęcia prowadzenia działalności ponieśli stratę albo osiągnęli dochód niższy od kwoty przysługującej im ulgi B+R. Takiemu przedsiębiorcy przysługuje zwrot gotówkowy w wysokości kwoty odpowiadającej iloczynowi nieodliczonej ulgi i stawki podatku dochodowego.