W czerwcu 2017 r. spółka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości wraz z korektami deklaracji za okres od 2012 r. do maja 2017 r. Domagała się zwrotu prawie 300 tys. zł nadpłaconej daniny. Podstawą żądania były pomiary architektoniczne powierzchni użytkowej poziomu – 3,3 m oraz – 3,1 m należącego do spółki budynku. Wykazały bowiem, że w spornym okresie jego powierzchnia użytkowa, deklarowana do opodatkowania podatkiem od nieruchomości, była większa niż rzeczywista.
Prezydent, po przyjęciu wyjaśnień i przeprowadzeniu pomiarów pomieszczeń, odmówił stwierdzenia nadpłaty w żądanej wysokości, ale określił ją w mniejszej.
Urzędnicy wyjaśnili, że spółka błędnie wyłączyła z podstawy opodatkowania pomieszczeń o wysokości powyżej 2,20 m całą powierzchnię użytkową pomieszczeń, w których występowały belki podstropowe znajdujące się na wysokości poniżej 2,20 m i ujęła do opodatkowania tylko 50 proc. ich powierzchni. Fiskus przypomniał, że powierzchnię pomieszczeń lub ich części oraz część kondygnacji o wysokości w świetle od 1,40 m do 2,20 m zalicza się do powierzchni użytkowej budynku w 50 proc., a jeżeli wysokość jest mniejsza niż 1,40 m – pomija się. Jego zdaniem z przepisu jednoznacznie wynika możliwość zaliczenia do powierzchni użytkowej części pomieszczenia (kondygnacji). To oznacza, że istnieje możliwość osobnego wyliczenia części powierzchni ograniczonej płaszczyzną stropu, a osobno części ograniczonej belkami konstrukcyjnymi. Belki stropowe (inne elementy konstrukcyjne stropu) nie obniżają wysokości w świetle całego pomieszczenia (kondygnacji).
Spółka nie zgadzała się z taką wykładnią przepisów. Po bezskutecznym odwołaniu wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku, ale przegrała. Sąd zauważył, że dla określenia podstawy opodatkowania w podatku od nieruchomości dla budynku lub jego części, kluczowe znaczenie ma pojęcie „kondygnacja". Przyjęcie, że mamy do czynienia z kondygnacją, pozwala bowiem na jej pomiary po wewnętrznych ścianach, z wyjątkiem powierzchni klatek schodowych oraz szybów dźwigowych.
Ustawa nie definiuje jednak tego pojęcia ani nie odsyła do żadnego innego aktu prawnego. Dlatego, w ocenie WSA, znaczenie pojęcia „kondygnacja" należy ustalić przede wszystkim za podstawie wykładni językowej. A zgodnie ze słownikiem, przez „kondygnację" należy rozumieć część budynku między sąsiednimi stropami lub między podłożem i najniższym stropem, piętro lub parter budynku. Każda część budynku, znajdująca się między sąsiednimi stropami, jest kondygnacją.