Sprawę zainicjowało pytanie prejudycjalne Naczelnego Sądu Administracyjnego dotyczące wykładni przepisów dyrektywy VAT w kontekście warunków, na jakich podatnik może dokonać korekty swojego zobowiązania podatkowego, jeżeli nie otrzymał zapłaty od kontrahenta.
Chodzi o tzw. ulgę na złe długi. Regulujące ją w Polsce przepisy o VAT przewidują, że wierzyciel, który wykonał usługę lub dostarczył towar i nie otrzymał za nie zapłaty, może skorygować podstawę opodatkowania i podatek należny po upływie 90 dni (wcześniej było 150 dni) od upływu terminu płatności określonego w umowie lub na fakturze. Wierzytelność nie może być w tym czasie zbyta w jakiejkolwiek formie. Spór z fiskusem, który ma rozstrzygnąć NSA po wyroku TSUE, dotyczył wyjątków od tej zasady.
E. to polska spółka prowadząca działalność w zakresie doradztwa podatkowego. Jest podatnikiem VAT, usługi opodatkowuje według podstawowej stawki podatku od towarów i usług. Spółka wystawiła na rzecz jednego ze swoich kontrahentów fakturę, ale nie doczekała się zapłaty za usługi, gdyż kontrahent został postawiony w stan likwidacji po upływie terminu zapłaty, pozostając jednocześnie zarejestrowanym jako podatnik VAT.
Spółka zwróciła się do Ministra Finansów o indywidualną interpretację podatkową w celu ustalenia, czy pomimo postawienia jej kontrahenta w stan likwidacji po wykonaniu usługi doradczej, mogła skorzystać z obniżenia podstawy opodatkowania VAT z uwagi na niewywiązanie się kontrahenta z płatności wierzytelności wynikającej z faktury. Wszystkie pozostałe przesłanki do skorzystania z ulgi na złe długi, określone w ustawie o VAT, były spełnione.
Minister Finansów odpowiedział przecząco. Wskazał, że dyrektywa VAT przyznaje podatnikom prawo do obniżenia podstawy opodatkowania VAT jedynie na takich warunkach, jakie określiło państwo członkowskie w krajowych regulacjach. Jeżeli zatem jedna z przesłanek przewidzianych w polskiej ustawie o VAT nie jest spełniona, podatnik nie może obniżać podstawy opodatkowania, wywodząc prawo do tego bezpośrednio z prawa Unii.