Od czasu wejścia w życie dużej nowelizacji przepisów dotyczących CIT estońskiego (zmiany wprowadzone przez tzw. Polski Ład), czyli od 1 stycznia 2022 r., dyrektor KIS wydał kilka interpretacji indywidualnych odnoszących się do możliwości wyboru tej formy opodatkowania przez spółki programistyczne.
W większości interpretacji, organ przyjął stanowisko, że spółki programistyczne nie mogą skorzystać z CIT estońskiego. Jednak dyrektor KIS wydał również interpretacje indywidualne, w których stwierdził, że spółka programistyczna może opodatkować swoje dochody CIT EE (interpretacja indywidualna z 26 lipca 2023 r., 0111-KDIB1-1.4010. 308.2023.1.AW, interpretacja indywidualna z 10 maja 2023 r.; 0114-KDIP2-2.4010.113.2023. 2.IN).