Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z 17 listopada 2014 r. (III SA/Wa 925/14).
Skarżąca jest spółką prowadzącą działalność w Austrii (dalej: spółka). Spółka złożyła wniosek o zwrot VAT za 2010 r. drogą elektroniczną w odpowiednim terminie, ale z przyczyn technicznych nie został on przekazany na czas do polskiego organu podatkowego. Obciążenie strony internetowej austriackiego urzędu podatkowego spowodowało bowiem, że przekaz nie został zrealizowany w całości w wyznaczonym dniu. Naczelnik urzędu skarbowego odmówił zwrotu podatku, powołując się na pismo Ministerstwa Finansów, z którego wynikało, że administracja austriacka nie zgłaszała w danym okresie problemów technicznych.
Spółka wniosła skargę do WSA, twierdząc, że dopełniła wszelkich formalności wynikających z art. 8, 9 i 10 dyrektywy Rady 2008/9/WE z 12 lutego 2008 r. określającej szczegółowe zasady zwrotu podatku od wartości dodanej podatnikom niemającym siedziby w państwie członkowskim zwrotu, lecz mającym siedzibę w innym państwie członkowskim. Spółka zarzuciła organowi dyskryminację, ponieważ jedyną możliwą formą przekazania przez nią (czyli przez podmiot zagraniczny) wniosku o zwrot podatku była forma elektroniczna. Ponadto spółka za niesłuszne uznała utożsamianie przez organ momentu złożenia wniosku z momentem jego przekazania do Polski. Zdaniem spółki nie można doszukiwać się po jej stronie winy za błędy systemu elektronicznego, których nie mogła przewidzieć.
Zdaniem sądu z uzasadnienia decyzji organu nie wynika jednoznacznie, z jakiego powodu wniosek o zwrot VAT złożony przez spółkę nie został na czas przekazany do Polski. Nie rozstrzygnięto, czy były to błędy strony skarżącej czy błędy systemu informatycznego. Sąd wskazał, że zasadniczo problemy techniczne nie mogą jednak naruszać prawa podatnika do uzyskania zwrotu podatku.
—Magda Koczwara, współpracowniczka zespołu zarządzania wiedzą podatkową firmy Deloitte
