Trybunał wskazał, że szczególna procedura VAT dla biur podróży nie stanowi, jako taka, niezależnego i kompleksowego systemu podatkowego, lecz obejmuje wyłącznie przepisy stanowiące odstępstwo od niektórych przepisów ogólnego systemu VAT. W związku z tym wszystkie przepisy ogólnego systemu VAT mogą być stosowane do transakcji w ramach procedury szczególnej dla biur podróży, z wyjątkiem tych, które dotyczą miejsca opodatkowania, podstawy opodatkowania i możliwości odliczenia podatku.
W odpowiedzi na pytanie drugie Trybunał wskazał, że wykładnia przepisów dyrektywy VAT nie może prowadzić do uniemożliwienia w praktyce dokładnego obliczenia podstawy opodatkowania przewidzianego w jej art. 308, który wymaga, aby biuro podróży mogło odliczyć od zapłaconej przez turystę ceny całkowitej, z wyłączeniem VAT, całość faktycznych kosztów poniesionych przez to biuro podróży z tytułu dostaw towarów i usług świadczonych przez innych podatników, w przypadku gdy transakcje te służą bezpośredniej korzyści turysty.
W przypadku, gdy zaliczka wpłacana przez klienta jest równa całkowitej cenie lub istotnej części całkowitej ceny usługi turystycznej, a w chwili wpłaty tej zaliczki biuro podróży nie poniosło jeszcze żadnych faktycznych kosztów lub tylko ograniczoną część całkowitych kosztów tej konkretnej usługi, to uwzględnienie wyłącznie kosztów rzeczywiście poniesionych przez biuro podróży w chwili owej zapłaty może w niektórych przypadkach uniemożliwić odliczenie całości lub części tych kosztów całkowitej ceny, z wyłączeniem VAT, owej usługi. W konsekwencji może zniekształcać sposób obliczenia podstawy opodatkowania, jaki został ustanowiony w art. 308 dyrektywy VAT. W związku z tym w sytuacjach tego rodzaju marża zysku biura podróży może zostać określona na podstawie oszacowania faktycznych kosztów całkowitych, jakie ostatecznie ono poniesie. W celu takiego oszacowania biuro podróży powinno uwzględnić koszty faktycznie poniesione w momencie wpłaty zaliczki.
Poprzez odjęcie od łącznej ceny podróży całkowitego szacunkowego kosztu biuro podróży uzyskuje przewidywalną marżę zysku. Podstawa opodatkowania VAT podlegającego zapłacie w związku z wpłatą zaliczki jest obliczana poprzez pomnożenie kwoty tej zaliczki przez procent, jaki stanowi określona w ten sposób przewidywalna marża zysku w całkowitej cenie podróży.
Z chwilą, w której biuro podróży będzie znało ostateczne koszty faktyczne konkretnej podróży, powinny one zostać uwzględnione dla celów określenia VAT zgodnie z art. 308 dyrektywy VAT, w razie potrzeby poprzez korektę deklaracji VAT złożonej w chwili otrzymania zaliczki.
podstawa prawna: art. 19a ust. 8 i art. 119 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn. DzU z 2018 r. poz. 2174 ze zm.)