Zawiązanie konsorcjum przybiera więc formę umowy cywilnoprawnej, przy czym nie powoduje obowiązków rejestrowych, nie wiąże się z koniecznością wydzielenie wspólnego majątku na cele związane z realizacją wspólnego, określonego w umowie celu, a jego uczestnicy zachowują niezależność w stosunkach niezwiązanych z realizacją wspólnego przedsięwzięcia.
Swego czasu wykształcił się pogląd, który propagował stosowanie do konsorcjum, na zasadzie analogii przez wzgląd na podobieństwa konstrukcyjne, przepisów dotyczących spółki cywilnej. Obecnie, uznając złożony charakter omawianej instytucji przyjmuje się, że konsorcjum stanowi umowę nienazwaną, do której w zależności od okoliczności można stosować przepisy dotyczące spółek cywilnych. Istotą obu konstrukcji jest bowiem współdziałanie na rzecz wspólnego celu, przy czym w przeciwieństwie do konsorcjum, spółka cywilna z założenia zakładana jest w celu długofalowego prowadzenia działalności gospodarczej, a nie z myślą o realizacji wyłącznie konkretnego projektu. Występują również odmienności w kształtowaniu kwestii dotyczących odpowiedzialności oraz udziałów w zyskach i stratach pomiędzy wspólnikami spółki cywilnej oraz uczestnikami konsorcjum.
To nie są usługi
Pomimo braku uregulowań co do kwestii struktury i organizacji, w praktyce w ramach konsorcjum wydziela się lidera i pozostałych uczestników.
Standardowo to lider, uwzględniając wszystkie czynności wykonane w związku z realizacją inwestycji, wystawia fakturę na rzecz zleceniodawcy. Ta kwestia, w odróżnieniu od wzajemnych rozliczeń pomiędzy uczestnikami nie budzi wątpliwości. Problemem jest ustalenie czy w przypadku czynności realizowanych przez poszczególnych uczestników w ramach konsorcjum można w ogóle zidentyfikować świadczenie usług.
Kwestia ta wielokrotnie była przedmiotem rozważań zarówno organów podatkowych, jak i sądów administracyjnych. Stanowiska są wprawdzie podzielone, jednak dominuje pogląd ,zgodnie z którym wykonywane pomiędzy partnerami czynności nie stanowią usług w rozumieniu ustawy o VAT. Przyjmuje się bowiem, że wszystkie czynności wykonywane w ramach konsorcjum prowadzą do realizacji wspólnego celu jakim jest wykonanie na rzecz zamawiającego określonej w umowie usługi. Brak jest zatem podstaw do stwierdzenia, że konsorcjant wykonuje usługi na rzecz pozostałych uczestników. W konsekwencji, wykonane przez niego na rzecz zamawiającego, a rozliczane w ramach konsorcjum świadczenia powinny być dokumentowane za pomocą not księgowych.
Stanowisko takie przedstawił w wyroku z 28 stycznia 2021 r. (I FSK 1685/20) Naczelny Sąd Administracyjny. Wskazał, że: „W przypadku braku wzajemnych świadczeń między członkami konsorcjum, rozliczenia pomiędzy nimi mają charakter wewnętrzny, zaś okoliczność, że członkowie i lider zachowują odrębny status podatników podatku od towarów i usług nie powoduje, że dochodzi między nimi do świadczenia usług. Innymi słowy, rozliczenia pieniężne między uczestnikami wspólnego przedsięwzięcia nie mogą być same przez się potraktowane jako czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, jeśli równocześnie nie towarzyszy im świadczenie usługi”.