Spółka planuje połączenie (przez przejęcie) z inną spółką należącą do tej samej grupy kapitałowej. Zostanie na nią przeniesiony cały majątek spółki przejmowanej. Połączenie zostanie przeprowadzone metodą łączenia udziałów, bez zamykania ksiąg rachunkowych spółki przejmowanej i tym samym bez zakończenia jej roku podatkowego.
Wnioskująca firma prowadzi działalność na terenie dwóch specjalnych stref ekonomicznych. Jest ona zwolniona z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT (działalność strefowa). Prowadzi również działalność nieobjętą zezwoleniami (działalność pozastrefowa). Wydatki zaliczane do kosztów uzyskania przychodów mogą więc być związane wyłącznie z jednym z rodzajów działalności albo stanowić tzw. koszty wspólne, związane zarówno z działalnością strefową, jak i pozastrefową. Podatniczka przyporządkowuje koszty wspólne do poszczególnych rodzajów działalności, stosując klucz przychodowy z art. 15 ust. 2 ustawy o CIT, obliczany jako udział przychodów z działalności strefowej w przychodach ogółem. Zapytała, czy w kalkulacji klucza przychodowego za rok podatkowy, w którym dojdzie do połączenia, powinna uwzględnić również przychody spółki przejmowanej z roku połączenia osiągnięte w roku podatkowym, w którym dojdzie do połączenia.
Fiskus odpowiedział, że nie. Uznał, że spółka powinna uwzględnić przychody osiągnięte tylko od chwili połączenia spółek. Od tego bowiem momentu koszty wspólne dotyczą przychodów osiągniętych już po połączeniu.
Innego zdania był WSA w Gliwicach. Zauważył, że spór w sprawie sprowadza się do tego, czy na podstawie art. 15 ust. 2 i ust. 2a ustawy o CIT – w związku z przejęciem przez spółkę prowadzącą działalność strefową innej spółki, prowadzącej działalność poza strefą – klucz alokacji kosztów (na podstawie przychodów opodatkowanych i nieopodatkowanych) powinien mieć zastosowanie do całości przychodów uzyskanych w całym roku podatkowym, w którym dojdzie do przejęcia, czy też spółka przejmująca powinna uwzględniać koszty wspólne dopiero od chwili połączenia spółek, tj. od momentu, od którego uzyskano dochody z obu źródeł.
Klasyfikacja do kosztów uzyskania przychodów powinna nastąpić najpierw według kryteriów określonych w art. 15 w zw. z art. 16 ustawy o CIT. Potem koszty powinny zostać przyporządkowane do działalności zwolnionej i opodatkowanej na podstawie właściwie sporządzonych dokumentów i prowadzonych ksiąg podatkowych. Jeżeli sposób prowadzenia ksiąg nie pozwala na dokładne przyporządkowanie kosztów do poszczególnych rodzajów działalności, ma to nastąpić na podstawie art. 15 ust. 2 i ust. 2a ustawy o CIT. Ustawodawca nie określił innego sposobu przyporządkowania kosztów w sytuacji prowadzenia działalności zwolnionej i opodatkowanej.
