Działając jako płatnik, pracodawca ponosi odpowiedzialność zarówno za właściwe obliczenie, jak i za pobór oraz odprowadzenie do urzędu skarbowego zaliczki na podatek we właściwej wysokości. Jednym z istotnych parametrów wpływających na wymiar pobieranego przez pracodawcę podatku od wynagrodzenia pracownika (zaliczki na podatek) są koszty uzyskania przychodów. Są one bowiem kluczową wartością pozwalającą na ustalenie dochodu z tytułu zatrudnienia pracownika, a więc wpływają na określenie podstawy opodatkowania PIT.
W przypadku przychodów ze stosunku pracy dochody ustalane są przy zastosowaniu ryczałtowych kosztów uzyskania przychodów. Zgodnie z art. 22 ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT koszty uzyskania przychodów z tytułu stosunku służbowego, stosunku pracy, spółdzielczego stosunku pracy oraz pracy nakładczej wynoszą 111 zł 25 gr miesięcznie (za rok podatkowy nie więcej niż 1335 zł), jeśli podatnik uzyskuje przychody tylko z tytułu jednego z przywołanych stosunków zatrudnienia. Nie oznacza to jednak, że ta kwota stanowi jedyną dopuszczalną przepisami wartość „pracowniczych" kosztów uzyskania przychodów, którą w każdym przypadku stosuje płatnik podatku dochodowego. Ustawa o PIT przewiduje bowiem możliwość podwyższenia tych kosztów w szczegółowo wskazanych przypadkach.
W art. 22 ust. 2 pkt 3 ustawy o PIT przewidziane zostały podwyższone koszty uzyskania przychodów (do wysokości 139,06 zł miesięcznie, nie więcej niż 1668,72 zł rocznie), gdy miejsce stałego lub czasowego zamieszkania podatnika jest położone poza miejscowością, w której znajduje się zakład pracy, a podatnik nie uzyskuje dodatku za rozłąkę. Przyjęcie w rozliczeniach tej podwyższonej wartości „pracowniczych" kosztów uzyskania przychodów jest rozwiązaniem korzystnym dla pracownika, gdyż obniża wartość zaliczki na PIT pobieranej przez płatnika.
Nie jest jednak możliwe automatyczne założenie przez pracodawcę-płatnika zasadności stosowania podwyższonych kosztów uzyskania przychodów na podstawie posiadanej w dokumentacji pracowniczej informacji o miejscu zamieszkania pracownika. Muszą zostać spełnione określone warunki formalne.
Z art. 32 ust. 2 ustawy o PIT wynika, że dochód ze stosunku pracy ustala się poprzez obniżenie osiąganego przychodu (w rozumieniu art. 12 ustawy o PIT) o wartość kosztów uzyskania przychodu wskazaną w art. 22 ust. 2 pkt 2 albo 3 oraz po odliczeniu potrąconych przez płatnika w danym miesiącu składek na ubezpieczenie społeczne. Aby jednak płatnik mógł ustalać dochód pracownika z uwzględnieniem podwyższonych kosztów przepisy wymagają złożenia przez pracownika stosownego oświadczenia. Zgodnie z art. 32 ust. 5 ustawy o PIT zakład pracy stosuje podwyższone koszty, jeżeli pracownik złoży oświadczenie o spełnieniu warunku ich stosowania, a więc oświadczy, że jego miejsce stałego lub czasowego zamieszkania znajduje się poza miejscowością, w której położony jest zakład pracy i że nie otrzymuje dodatku za rozłąkę. Dopiero złożenie takiego oświadczenia przez pracownika pozwala pracodawcy na stosowanie omawianej preferencji. Raz złożone przez pracownika oświadczenie jest skuteczne także w latach kolejnych, jeżeli wynikający z niego stan faktyczny się nie zmienił (art. 32 ust. 3a ustawy o PIT). Pracodawca nie może natomiast stosować podwyższonych kosztów uzyskania przychodów, jeżeli został powiadomiony przez pracownika o zmianach stanu faktycznego wynikającego ze złożonego oświadczenia.
