- Z punktu widzenia przedsiębiorcy strefowego istotne znaczenie ma jego status, a więc to, czy jest przedsiębiorcą mikro, małym, średnim czy dużym. Jest to bowiem czynnik wpływający na wielkość pomocy publicznej (zwolnienia podatkowego), z jakiej może korzystać. W okresie obowiązywania zezwolenia strefowego może dojść do zmiany statusu przedsiębiorcy, przykładowo z dużego na średniego, np. wskutek zmiany struktury właścicielskiej spowodowanej wystąpieniem wspólnika, zbyciem udziałów itp. Problematyczne jest, czy taka zmiana powinna mieć wpływ na przysługującą przedsiębiorcy w kolejnych latach intensywność pomocy publicznej. Przepisy nie dają jednoznacznej odpowiedzi na to pytanie.
W niniejszym artykule przedstawimy genezę wątpliwości w tym zakresie i omówimy stanowiska właściwych organów. Są to zagadnienia, na które przedsiębiorcy strefowi, których czekają określone zmiany restrukturyzacyjne wpływające na ich status jako przedsiębiorców mikro, małych, średnich bądź dużych, powinni zwrócić szczególną uwagę.
—Dorota Białas, doradca podatkowy, Associate Partner i kierownik zespołu ds. SSE w Rödl & Partner we Wrocławiu
Tematyka specjalnych stref ekonomicznych jest bardzo skomplikowana, a same specjalne strefy ekonomiczne (dalej: SSE) funkcjonują na styku jurysdykcji dwóch różnych ministrów (kwestia zwolnień podatkowych leży bowiem w gestii ministra finansów, natomiast podmiotem odpowiedzialnym za udzielanie i cofanie zezwoleń jest minister rozwoju – dawniej minister gospodarki). Nieprecyzyjne, a niekiedy dublujące się przepisy ustaw o podatku dochodowym oraz aktów prawnych regulujących funkcjonowanie SSE powodują, że przedsiębiorcy prowadzący działalność na terenie SSE zmuszeni są do analizy podatkowych konsekwencji planowanych przez siebie działań i decyzji nie tylko na podstawie przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (lub odpowiednio ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych), ale również z uwzględnieniem przepisów ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz aktów wykonawczych do tej niej. Sytuację komplikuje również to, że wykładnia wielu przepisów przeprowadzana przez organy podatkowe różni się od dokonywanej przez Ministerstwo Rozwoju.
Przykładem zagadnienia, do którego ww. organy podchodzą w sposób odmienny, jest wpływ zmiany statusu spółki (przykładowo z przedsiębiorcy średniego na przedsiębiorcę dużego) w okresie obowiązywania zezwolenia strefowego na wysokość przysługującej mu pomocy publicznej (zwolnienia podatkowego). Co ciekawe, kwestii tej nie regulują wprost ani polskie, ani unijne przepisy o pomocy publicznej.