Programy operacyjne określają sposób wdrażania funduszy, które Polska otrzymuje z UE na realizację celów objętych polityką spójności. W przypadku pięciu z 35 zbadanych projektów beneficjentów wystąpiły nieprawidłowości, które jednak, w ocenie NIK, na ogół nie miały zasadniczego wpływu na osiągnięcie zakładanych rezultatów. Beneficjenci naprawiali powstałe błędy jeszcze w trakcie kontroli NIK.
Czytaj także: Fundusze unijne: prokuratorzy uczą się nowej przestępczości
Umowa Partnerstwa (UP) zawarta pomiędzy Polską a Komisją Europejską określa m. in. priorytety, warunki efektywnego i korzystania z unijnych funduszy na lata 2014-2020. Instrumentami realizacji UP są krajowe i regionalne programy operacyjne. Programy wraz z UP określają oczekiwane rezultaty oraz obowiązujące ramy finansowe i wdrożeniowe. Właściwą realizację programów koordynuje minister właściwy ds. rozwoju regionalnego. Minister Inwestycji i Rozwoju oraz zarządy województw jako instytucje zarządzające programami powinni zapewnić jak najlepsze wykorzystanie funduszy i osiągnięcie zakładanych rezultatów. Beneficjenci zaś są zobowiązani do osiągnięcia celów projektów i rezultatów opisanych w umowie o dofinansowanie.
Wcześniejsza kontrola NIK z 2017 r., dotycząca zarządzania wykorzystaniem środków UE na lata 2014-2020 w ramach polityki spójności, wykazała bardzo niski poziom wydatkowania środków unijnych oraz bardzo niski poziom zaawansowania realizacji w przypadku 60 spośród 192 osi priorytetowych krajowych i regionalnych programów operacyjnych. Jako oś priorytetową należy rozumieć grupę powiązanych ze sobą projektów mających wspólne cele, zdefiniowane w programie operacyjnym.
Komisja Europejska dokona przeglądu osiągniętych efektów tych programów w 2019 r. Niewykonanie wskaźników na poziomie celów pośrednich na 2018 r. może grozić utratą części środków i tym samym zmniejszeniem dofinansowania dla programu.