Przykładem takich wątpliwości może być wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 28 października 2015 r. (I FSK 1217/14).
Rozpatrywana przez NSA sprawa dotyczyła podatnika (spółki) prowadzącego działalność obejmującą produkcję, handel i dystrybucję substancji chemicznych. Spółka narażona była na ryzyko walutowe, którego źródłami były np. wyrażone w walutach obcych transakcje zakupu surowców oraz sprzedaży produktów. W celu ograniczenia tego ryzyka, spółka zawierała transakcje zabezpieczające m.in. poprzez przystąpienie do kontraktów opcji walutowych oferowanych przez określony bank. Spółka występowała zarówno w roli wystawiającego, jak i kupującego opcje.
W analizowanej sprawie uznano, że spółka działała także jako podatnik VAT – poprzez świadczenie usługi na rzecz banku. Do tego świadczenia znalazło jednak zastosowanie zwolnienie z art. 43 ust. 1 pkt 41 ustawy o VAT. Przepis ten zwania z podatku usługi, których przedmiotem są instrumenty finansowe, o których mowa w ustawie z 29 lipca 2005 r. o obrocie instrumentami finansowym, z wyłączeniem przechowywania tych instrumentów i zarządzania nimi, oraz usługi pośrednictwa w tym zakresie.
Co się wlicza do obrotu
Główna oś sporu dotyczyła tego, czy obrót z tytułu transakcji pochodnych powinien wpływać na tzw. proporcję sprzedaży służącą do obliczania wysokości podatku naliczonego, który podatnik może odliczyć. Proporcję tę stosuje się w odniesieniu do wydatków, których nie da się przypisać konkretnie do czynności opodatkowanych (dających prawo do odliczenia) albo zwolnionych (nieuprawniających do odliczenia). W świetle art. 90 ust. 3 ustawy o VAT, proporcję odliczenia ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. Proporcja ta zależy więc zasadniczo od udziału czynności zwolnionych w ogóle sprzedaży.
Od tej zasady został – w art. 90 ust. 6 pkt 2 ustawy o VAT - przewidziany wyjątek. Do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się bowiem obrotu z tytułu transakcji dotyczących usług wymienionych w art. 43 ust. 1 pkt 7, 12 i 38-41, w zakresie, w jakim transakcje te mają charakter pomocniczy. Do proporcji nie należy zatem wliczać obrotu z tytułu zwolnionych z podatku usług finansowych (np. gdy ich przedmiotem są instrumenty finansowe), ale tylko jeśli mają one charakter pomocniczy. NSA stwierdził, że w rozpatrywanej sprawie tak nie jest. W konsekwencji, podatnik powinien wliczać do proporcji także przychody z transakcji opcyjnych.