Praktyka obrotu gospodarczego pokazuje, że zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa jest problematyczne dla przedsiębiorców w kontekście podatku od towarów i usług. Wynika to w dużej mierze z definicji zorganizowanej części przedsiębiorstwa, która bywa odmiennie interpretowana przez przedsiębiorców i organy podatkowe.

Pobrana kaucja będąca zabezpieczeniem wykonania umowy, w sytuacji kiedy podlega ona zwrotowi klientowi po wykonaniu usługi lub po odbiorze zakupionego towaru, nie jest zapłatą z tytułu dostawy towarów lub świadczenia usług i nie generuje powstania obowiązku podatkowego w momencie jej otrzymania.

Zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa stanowi czynność niepodlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Poniesienie wydatków na wybudowanie sieci wodociągowej na działce, do której zostaną przyłączone również pozostałe wydzielone i przeznaczone do sprzedaży, to istotny element przesądzającym o prowadzeniu działalności gospodarczej.

Polski podatnik, który wykonuje w innym kraju prace budowlane na terenie ambasady RP, powinien posiadać dokumenty potwierdzające, że wywożone z kraju materiały będą wykorzystywane do tych robót. Wtedy będzie mógł odliczyć VAT.