Stosowanie 5-proc stawki PIT w ramach IP Box wiąże się z ryzykiem ze względu na możliwość zakwestionowania rozliczeń. W przypadku IP Box są aż dwa wrażliwe obszary. Pierwszy dotyczy generalnych zasad współpracy z kontrahentem. Nie można bowiem wykluczyć, że w trakcie kontroli organ zidentyfikuje, że działania w zespole programistów nie mają znamion stosunku B2B, ale umowy o pracę. W takim skrajnym przypadku pierwotne rozliczenie 5-proc. stawki PIT może być korygowane nawet do stawki 32 proc., co w odniesieniu do rozliczenia ostatnich pięciu nieprzedawnionych lat może generować znaczną kwotę do zapłaty. Drugi obszar dotyczy „osiągania dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej (autorskiego prawa do programu komputerowego), podlegającego ochronie, którego przedmiot został wytworzony, rozwinięty lub ulepszony przez podatnika w ramach prowadzonej przez niego działalności badawczo-rozwojowej", gdyż tylko taki dochód może korzystać z 5-proc. stawki.