Od 1 marca br. występują dwa rodzaje kontroli podatników. Pierwsza, zwyczajna kontrola podatkowa, jest wykonywana przez naczelnika urzędu skarbowego. Druga, celno-skarbowa, wykonywana jest przez nowo utworzone urzędy celno-skarbowe, na podstawie przepisów o Krajowej Administracji Skarbowej, w ramach której urzędnicy dysponują dużą większymi uprawnieniami niż dotychczas.
Jeżeli organy podatkowe wszczynają zwyczajną kontrolę podatkową na podstawie przepisów ordynacji podatkowej, to - co do zasady - zawiadamiają kontrolowanego o zamiarze jej rozpoczęcia. Samą kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po upływie siedmiu dni od dnia doręczenia tego zawiadomienia. Kontrolowany ma więc czas na przygotowanie się, ewentualnie może sam zgodzić się na rozpoczęcie kontroli jeszcze przed upływem siedmiodniowego terminu.
Inaczej jest w przypadku kontroli celno-skarbowej wszczynanej przez nowe urzędy celno-skarbowe, które w założeniu mają zajmować się sprawami o znacznie większym poziomie skomplikowania. Ustawa o KAS nie przewiduje w ogóle możliwości zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli celno-skarbowej. Rozpoczyna się ona już z momentem okazania kontrolowanemu upoważnienia do jej przeprowadzenia. Dzień doręczenia upoważnienia jest datą wszczęcia kontroli celno-skarbowej (art. 62 ustawy o KAS).
Warto jednak pamiętać, że w niektórych przypadkach kontrolujący mogą rozpocząć kontrolę celno-skarbową nawet bez okazywania stosownego upoważnienia. Może ona zostać wszczęta na podstawie okazania samych legitymacji służbowych przez kontrolujących. Warunkiem rozpoczęcia jej w ten sposób jest jednak podejrzenie, że nie są przestrzegane przepisy, a okoliczności faktyczne uzasadniają niezwłoczne przeprowadzenie kontroli celno-skarbowej. Ponieważ pojęcia te są niezwykle pojemne i ich ocena pozostaje w zakresie kompetencji samych urzędników, w praktyce kontrola celno-skarbowa może często następować bez wystawienia upoważnienia dla kontrolujących.
Przykład
Urząd celno-skarbowy uzyskał informację, że przy sprzedaży na rzecz osób fizycznych w przedsiębiorstwie dochodzi nagminnie do niewystawiania paragonów z kasy fiskalnej. Funkcjonariusze urzędu celno-skarbowego będą w takim przypadku uprawnieni do rozpoczęcia natychmiastowej kontroli poprzez okazanie legitymacji służbowych w siedzibie przedsiębiorstwa. Urzędnicy powinni być jednak przekonani, że naruszenie przepisów podatkowych jest zamierzone i nie stanowi jednorazowego incydentu. Zwykła nieuwaga związana np. z większą liczbą klientów z pewnością nie może być racjonalnym powodem do wszczęcia kontroli w tym trybie.