Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów ustalił, że w 2006 r. spółka wprowadziła regulacje, na podstawie których mogła odmówić podpisania umowy specjalnej z przedsiębiorcą, którego uznała za swojego konkurenta. Tego typu kontrakt oznaczał przyznanie atrakcyjnych upustów cenowych i mogły go podpisać podmioty, które nie rywalizowały bezpośrednio z PKP Cargo. Takie działania uniemożliwiły konkurentom spółki rozwój własnej działalności, pozyskiwanie nowych klientów, a tym samym możliwość rywalizacji rynkowej z dominantem. Zakwestionowana praktyka miała zatem negatywny wpływ na rozwój konkurencji na rynku towarowych przewozów kolejowych. Prawo ochrony konkurencji zakazuje nadużywania przez przedsiębiorcę pozycji dominującej na rynku ze szkodą dla konkurencji. Niedozwolona praktyka trwała do 2007 r.
Na PKP Cargo została nałożona kara finansowa w wysokości ponad 14,2 mln zł kary. Jednym z czynników, który miał wpływ na obniżenie kary finansowej był długi czas, jaki upłynął od wszczęcia postępowania w 2006 r. do wydania decyzji w 2015 r. Decyzja nie jest prawomocna. Przysługuje od niej odwołanie do Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów.
Jest to druga decyzja UOKiK w ramach postępowania wszczętego w 2006 r., na wniosek jednego z konkurentów spółki – CTL Logistcs. Poprzednia wydana była w 2009 r. Na PKP Cargo została wówczas nałożona kara finansowa w wysokości ponad 60 mln złotych. Decyzję podtrzymały sądy kolejnych instancji, jednak w październiku 2013 r. Sąd Najwyższy uchylił te wyroki i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia przez Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów (SOKiK). Głównym powodem, który podał SN, było rozszerzenie przez Urząd zakresu postępowania w jego trakcie. Pierwotnie postawiony zarzut dotyczył umów specjalnych, natomiast po zmianie polityki handlowej przez PKP Cargo został rozszerzony na odmowę podpisania umów handlowych, przewidujących upusty cenowe. W marcu 2014 r. SOKiK uchylił decyzję z 2009 r., dlatego UOKiK był zobowiązany do kontynuowania postępowania w tej sprawie, w zakresie ograniczonym do pierwotnego zarzutu.
