Spór w sprawie dotyczył VAT za kwiecień 2015 r. A zaczął się po tym jak spółce określono wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za ten okres rozliczeniowy w kwocie innej, niż zadeklarowana. Spółka kompleksową usługę autostrady potraktowała jako różne usługi opodatkowane odpowiednio 8 i 23 proc. stawkami. Tymczasem w ocenie urzędników skarbówki realizowane przez nią czynności w ramach umowy o kompleksowe utrzymanie autostrady, zawartej ze GDDKiA, stanowią jedną usługę, która nie jest wymieniona w przepisach dotyczących zakresu stosowania obniżonych stawek, więc jest opodatkowana stawką 23 proc.
Czytaj także: Split payment: przymusowa podzielona płatność
Firma nie zgadzała się z takim stanowiskiem, ale Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił jej skargę.
Inaczej na sprawę spojrzał dopiero Naczelny Sąd Administracyjny. Co prawda w głównej kwestii potwierdził, że różne czynności utrzymania autostrady w systemie „utrzymaj standard", jako służące jednemu celowi, mają charakter tzw. usługi kompleksowej opodatkowanej 23 proc. stawką VAT.
Tym co zadziałało na korzyść firmy okazała się zasada zaufania (ochrony uzasadnionych oczekiwań) do organów podatkowych. NSA zwrócił uwagę na szereg okoliczności w jakie zdecydowały, że spółka tak a nie inaczej rozliczała VAT. Przede wszystkim zawierając umowę z GDDKiA, opierała się na utrwalonej wykładni prezentowanej przez organy podatkowe wydające interpretacje indywidualne, której przestrzegania wymagał także zamawiający. Wykładnia ta została potwierdzona jako prawidłowa w protokole kontroli jej rozliczenia za kwiecień 2012 r. Dopiero - po zmianie tej wykładni - spółkę za kwiecień 2015 r. obciążono już różnicą podatku pomiędzy 23 a 8 proc.
