Powstaje zatem pytanie, którą dyrektywę należy stosować w celu określenia czy dana usługa jest usługą zarządzania AFI, a tym samym czy znajdzie zastosowanie zwolnienie z art. 43 ust. 1 pkt. 12 lit. a ustawy o VAT. Wydaje się bowiem, iż posiłkowanie się wyłącznie dyrektywą UCITS z pominięciem dyrektywy ZAFI pozwoliłoby na objęcie zwolnieniem szerszej grupy usług. W takim przypadku podmiot świadczący przykładowo usługi prawne na rzecz AFI nie musiałby jednocześnie pełnić funkcji w zakresie zarządzania portfelem inwestycyjnym lub ryzykiem w celu skorzystania ze zwolnienia. Jednak w wydawanych ostatnio interpretacjach indywidu- alnych organy podatkowe przyjmują bardziej restrykcyjne podejście, zgodnie z którym usługi zarządzania AFI powinny być definiowane w świetle przepisów dyrektywy ZAFI. W ten sposób organy odmawiają prawa do skorzystania ze zwolnienia z VAT tym podatnikom, którzy pełniąc funkcje wskazane w dyrektywie UCITS, nie pełnią zarazem funkcji w zakresie zarządzania portfelem inwestycyjnym lub ryzykiem, o których mowa w dyrektywie ZAFI.
Dodatkowym argumentem wykorzystywanym przez organy podatkowe do kwestionowania możliwości zastosowania zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 12 lit. a lub lit. b ustawy o VAT, z powołaniem się na orzecznictwo TSUE, jest fakt, iż określone usługi nie stanowią usług istotnych dla procesu zarządzania FI lub AFI.
W ocenie organów podatkowych nie tylko obsługa prawna FI lub AFI nie stanowi usług zarządzania i nie powinna korzystać ze zwolnienia z VAT. Do usług niekorzystających ze zwolnienia zaliczają również takie usługi jak: kompleksowe usługi doradczo-analityczne (interpretacja Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 12 grudnia 2018 r., 0112-KDIL1-1.4012.738.2018.2.RW) czy usługi doradztwa inwestycyjnego (interpretacja Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 6 września 2018 r., 0114-KDIP4.4012.375.2018.1.AS).
Niekorzystne interpretacje wydawane są także w odniesieniu do usług zarządzania portfelami inwestycyjnymi FI lub AFI. W interpretacji indywidualnej z 31 grudnia 2018 r. (0114-KDIP4.4012.776.2018.1.EK) organ uznał, iż usługi świadczone na rzecz funduszu, polegające na wycenie jego portfela inwestycyjnego, w tym wycenie aktywów funduszu, nie stanowią usług zarządzania portfelem inwestycyjnym funduszu i w konsekwencji nie korzystają ze zwolnienia z VAT. W ocenie organu, opisane przez podatnika usługi nie mają charakteru usług istotnych i specyficznych dla zarządzania FI (mają jedynie charakter techniczny, pomocniczy).
Oceniając końcowo omawianą interpretację należy stwierdzić, iż wpisuje się ona w aktualne restrykcyjne podejście organów podatkowych odnośnie możliwości zastosowania zwolnień z VAT dotyczących usług świadczonych na rzecz FI oraz AFI.