Zakres skargi został jednak ograniczony wyłącznie do zarzutów naruszenia prawa materialnego. Tym samym nowa instytucja będzie mieć ograniczone zastosowanie. Z tego rozwiązania będzie można skorzystać wyłącznie w sytuacji, gdy ustalony stan faktyczny nie budzi wątpliwości i nie jest pomiędzy podatnikiem i organem sporny. Wprawdzie wiele spraw z zakresu prawa podatkowego jest coraz bardziej skomplikowanych, jednak nie dotyczy to wszystkich spraw z tego zakresu. Nadal pozostają takie, w których przedmiotem sporu jest interpretacja przepisu prawa materialnego, a nie ustalony stan faktyczny. W tych bardziej skomplikowanych sprawach niezbędne będzie skorzystanie z administracyjnego toku instancyjnego i skarżenie zakresu ustaleń dowodowych lub sposobu oceny zebranego materiału dowodowego w ramach odwołania do organu drugiej instancji.
Czytaj także: Nowa ordynacja podatkowa: mniej formalności w drobnych sprawach
W sprawach prostszych, np. dotyczących wysokości stawki podatku, sposobu rozumienia pewnych pojęć (np. „wstęp"), zakresu zwolnień, itp., które niestety często mają charakter masowy, podatnik będzie mógł szybciej uzyskać rozstrzygnięcie sądu administracyjnego.
Pominięcie etapu odwoławczego będzie mieć dość duże znaczenie, bowiem bardzo rzadko występują rozbieżności interpretacyjne pomiędzy organami pierwszej i drugiej instancji. Tym samym podatnik nie ma co liczyć na zmianę rozstrzygnięcia lub uchylenie decyzji. Uzyskanie rozstrzygnięcia sporu przez sąd szybciej ma istotną wartość, nawet gdyby nie było ono korzystne dla podatnika. Nie pozostaje on bowiem latami w sporze z organami, co często paraliżuje bieżące prowadzenie działalności. Trudno sprzedawać dalej dane produkty, nie mając pewności co do zasad ich opodatkowania, a także ponosić związane z tym istotne ryzyko podatkowe i ekonomiczne.
Ważnym elementem pominięcia odwołania jest to, że podatnik, który może nie wiedzieć, czy to, co kwestionuje w działaniach organów, ma charakter zarzutów naruszenia prawa materialnego czy innego naruszenia przepisów, będzie chroniony. Gdy sąd oceni, że zgłoszone zarzuty mają charakter naruszenia innych przepisów niż przepisy prawa materialnego, odrzuci skargę. Wówczas skarga podatnika zostanie rozpoznana przez organ drugiej instancji jako odwołanie. Tym samym wyeliminowano ryzyko utraty przez podatnika możliwości zaskarżenia wydanej decyzji ze względu na wybór skargi zamiast odwołania.
