W rozliczeniach VAT, zarówno oddanie gruntów w użytkowanie wieczyste, jak i zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntów traktowane jest jako dostawa towarów, rozumianych w kategorii rzeczy (art. 7 ust. 1 pkt 6 w zw. z art. 2 pkt 6 ustawy o VAT).
W przypadku oddania gruntów w użytkowanie wieczyste, obowiązek podatkowy w VAT w odniesieniu do opłaty jednorazowej, stanowiącej płatność realizowaną przed wykonaniem dostawy, powstaje z chwilą jej otrzymania (art. 19a ust. 8 ustawy o VAT). Natomiast, w odniesieniu do opłat rocznych, obowiązek podatkowy powstaje – co do zasady – z końcem okresu (roku), do którego się one odnoszą (art. 19a ust. 1 w zw. z ust. 3 i 4 ustawy o VAT). Jednak w przypadku otrzymania części lub całości płatności z tytułu opłaty rocznej dotyczącej przyszłego roku przed 31 grudnia danego roku bieżącego, płatność taka powinna być traktowana jako otrzymanie zaliczki (art. 19a ust. 8 ustawy o VAT).
Przy sprzedaży prawa wieczystego użytkowania gruntu, obowiązek podatkowy powstaje na zasadach ogólnych, czyli z chwilą dostawy towaru (wydania nieruchomości) lub otrzymania zaliczki (art. 19a ust. 1 i 8 ustawy o VAT).
Odrębnie grunt i budynek
W przypadku oddania gruntu w użytkowanie wieczyste, dokonywane z równoczesną dostawą budynków trwale z gruntem związanych, podstawa opodatkowania ustalana jest odrębnie dla gruntu i dla budynków (art. 29a ust. 9 ustawy o VAT). Oznacza to, że prawo wieczystego użytkowania będzie podlegać opodatkowaniu 23-proc. stawką VAT, podczas gdy zabudowania mogą być zwolnione od VAT, jeżeli spełnione zostaną warunki, określone w art. 43 ust. 1 ustawy o VAT (por. interpretację Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 22 czerwca 2016 r., ITPP2/4512-260/16/AGW). Z kolei, w przypadku zbycia prawa wieczystego użytkowania gruntu wraz z zabudowaniami, zastosowanie znajdzie art. 29a ust. 8 ustawy o VAT, zgodnie z którym, w razie dostawy budynków trwale z gruntem związanych, z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu. Oznacza to, że stawka dla budynku determinuje stawkę właściwą dla sprzedaży prawa wieczystego użytkowania gruntu. Jeżeli zatem dostawa budynków będzie zwolniona od VAT, zwolnieniu będzie podlegało także zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu, na którym ten budynek został posadowiony.
Sprzedaż prawa wieczystego użytkowania gruntu niezabudowanego – co do zasady – podlega opodatkowaniu 23-proc. stawką VAT, chyba że prawo to dotyczy gruntu niezabudowanego, innego niż tereny budowlane. Wówczas jego zbycie będzie podlegało zwolnieniu od VAT (art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT).