Komentowana interpretacja porusza kwestię związaną z zakresem zastosowania przepisów o tzw. prewspółczynniku VAT, które weszły w życie 1 stycznia 2016 r., choć sama interpretacja została wydana jeszcze w roku 2015.
Dotychczas brakowało regulacji ograniczających zakres prawa do odliczenia VAT w przypadku ponoszenia wydatków związanych zarówno z działalnością podlegającą ustawie o VAT, jak i z niepodlegającą jej przepisom, z wyjątkiem wprowadzonego w 2011 r. art. 86 ust. 7b, który dotyczył nieruchomości. W takiej sytuacji podatnicy w celu określenia kwoty podatku naliczonego podlegającej częściowemu odliczeniu, poza proporcją sprzedaży, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT, nie byli dodatkowo zobowiązani do zastosowania innych wstępnych alokacji podatku naliczonego. Stanowisko to zostało potwierdzone w bogatej linii orzeczniczej sądów, jak również w uchwale NSA z 24 października 2011 r. (I FPS 9/10), choć w latach 2014–2015 minister finansów zaczął kwestionować taki pogląd w wydawanych interpretacjach dla podmiotów z sektora publicznego.
Kwestie związane ze wstępną alokacją podatku nie zostały uregulowane w przepisach dyrektywy VAT. Nie oznacza to jednak, że kraje członkowskie UE takich przepisów nie mogą wprowadzić, co zostało potwierdzone w orzecznictwie TSUE, m.in. w wyrokach przywoływanych w uzasadnieniu do ustawy wprowadzającej nowe przepisy (zob. m.in. wyrok w sprawie Securenta – C-437/06 i w sprawie Portugal Telecom – C-496/11).
Warto podkreślić, że żaden z tych wyroków nie zapadł w sprawie dotyczącej podmiotu publicznego. Pierwsza dotyczyła spółki zajmującej się nabywaniem, zarządzaniem i wykorzystaniem nieruchomości, papierów wartościowych, udziałów i wszelkiego rodzaju inwestycji. Natomiast druga dotyczyła spółki świadczącej techniczne usługi administrowania i zarządzania spółką, w której posiada część kapitału zakładowego. W obu sprawach Trybunał dopuścił możliwość wprowadzenia w ustawodawstwie krajowym obowiązku stosowania wstępnej alokacji podatku.
W komentowanej interpretacji organ zaakceptował pogląd wnioskodawcy, zgodnie z którym w przedstawionym stanie faktycznym nie będzie on zobowiązany do stosowania prewspółczynnika VAT. Może to potwierdzać prezentowane pośrednio podczas prac legislacyjnych stanowisko, że nowe przepisy będą faktycznie dotyczyły jedynie podmiotów prawa publicznego. Jednocześnie należy pamiętać, że takie ograniczenie nie wynika w żadnym zakresie z regulacji ustawowych. Samo uzasadnienie do projektu ustawy nie jest źródłem prawa. Co więcej, nawet jego treść nie wyklucza bezpośrednio pozostałych podatników (spółek prawa handlowego, cywilnego czy jednoosobowej działalności gospodarczej) z kręgu podmiotów objętych nowym ograniczeniem prawa do odliczenia VAT.
Odwołanie się w argumentacji do odpowiedzi Ministerstwa Finansów na interpelację poselską oraz do generalnego stwierdzenia, że wskazane „wątpliwe" czynności mają nieodłączny związek z prowadzoną działalnością gospodarczą, mogą być za słabym argumentem w potencjalnych przyszłych sporach z organami podatkowymi. W szczególności biorąc pod uwagę treść przepisów oraz to, że dotychczasowe orzecznictwo TSUE dotyczyło podmiotów nienależących do sektora publicznego, nie można wykluczyć, że organy podatkowe – pomimo stanowiska prezentowanego w wydawanych obecnie interpretacjach – w przyszłości nie zmienią podejścia (tak jak w kwestii obowiązywania prewspółczynnika jeszcze przed 2016 r.).
