W ugruntowanym orzecznictwie sądów administracyjnych pojęcie „procedur”, które obowiązują przy wykorzystaniu środków unijnych przyjęło bardzo szeroki zakres. Obejmuje ono zarówno przepisy prawa powszechnie obowiązującego, wytyczne, różnorodne regulacje wynikające z systemów realizacji programów operacyjnych, a także z umowy zawarte z beneficjentami (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 9 stycznia 2014, sygn. akt II GSK 1546/12).

System i jego zasady