W aktualnym stanie prawnym zasada neutralności VAT doznaje ograniczeń. Mogą się o tym przekonać m.in. podatnicy, którzy jako nabywcy towaru lub jako usługobiorcy rozliczają podatek należny. Dotyczy to w szczególności wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, nabycia towarów i usług z odwrotnym obciążeniem czy też importu usług.
Czytaj także: Czy komis z UE jest wewnątrzwspólnotowym nabyciem
Problem nie powstanie, jeżeli podatnik zdąży rozliczyć podatek należny i naliczony w tym samym okresie. Stosownie do art. 86 ust. 10b pkt 2 lit. b oraz pkt 3 ustawy o VAT zarówno w przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, jak i nabycia towarów lub usług z odwrotnym obciążeniem czy też importu usług, odliczenie podatku naliczonego będzie możliwe, gdy podatnik rozliczy podatek należny nie później niż w terminie trzech miesięcy od upływu miesiąca, w którym powstał obowiązek podatkowy (w przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów podatnik powinien również otrzymać fakturę w ciągu trzech miesięcy od upływu miesiąca, w którym powstał obowiązek podatkowy).
Niedochowanie tego terminu spowoduje po stronie podatnika konieczność rozliczenia podatku należnego w deklaracji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy, natomiast podatek naliczony będzie mógł zostać odliczony dopiero w bieżącej deklaracji VAT (art. 86 ust. 10i ustawy o VAT). Oznacza to, że rozliczenie przez podatnika ww. transakcji przestaje być dla niego neutralne. Brak możliwości odliczenia podatku naliczonego w deklaracji VAT za ten sam okres, w którym rozliczany jest podatek należny, może prowadzić do powstania zaległości w VAT, co wiąże się z koniecznością zapłaty odsetek za zwłokę, a ponadto może spowodować powstanie dodatkowego zobowiązania podatkowego (art. 112b ustawy o VAT).
Problematyczne regulacje
Należy zauważyć, że art. 86 ust. 10b pkt 2 lit. b i pkt 3 oraz ust. 10i ustawy o VAT w obecnym brzmieniu został ustanowiony ustawą z 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (DzU z 2016 r., poz. 2024), która weszła w życie 1 stycznia 2017 roku. Już na etapie prac legislacyjnych nad tą ustawą wskazywano na potencjalną niezgodność proponowanych przez prawodawcę rozwiązań z Dyrektywą 2006/112/WE, w kontekście naruszenia zasady neutralności VAT.