Kwestia, jak długo organ podatkowy, prowadząc na podstawie art. 21 § 3 ordynacji podatkowej (o.p.) postępowanie wymiarowe, może weryfikować wysokość zapłaconego przez podatnika zobowiązania podatkowego nastręczała dotychczas wielu wątpliwości tak podatnikom, jak i organom podatkowym oraz sądom administracyjnym. Dyskusje pojawiały się, mimo jasnego, jak mogło by się wydawać, brzmienia art. 70 i art. 208 § 1 o.p. Pierwszy określa, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Drugi przepis stanowi, że gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Mimo jasnych z pozoru norm, organy podatkowe procedując przy rozstrzygnięciu sprawy podatkowej (zdarza się, że przewlekle), prowadziły ją nadal. Mimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Sprzeczne stanowiska
Niektóre organy podatkowe swoją argumentację dotyczącą możliwości prowadzenia postępowania wymiarowego nawet po upływie terminu przedawnienia, gdy zobowiązanie to zostało zapłacone, opierają na tezie, że zapłata podatku przed upływem terminu przedawnienia powoduje wygaśnięcie zobowiązania na podstawie ?art. 59 § 1 pkt 1 o.p. To z kolei powoduje, że nie może ono już wygasnąć w inny sposób, w tym w wyniku przedawnienia.
Fiskus wypatrzył zatem możliwość weryfikacji zobowiązania zapłaconego w zasadzie przez czas nieograniczony. Bazował bowiem na tezie, że zobowiązanie podatkowe może wygasnąć na jeden z podanych w ordynacji podatkowej sposobów, tj. albo zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 o.p.), albo przedawnienia (art. 59 § 1 pkt 9 o.p.). Nie zważał przy tym, że stanowisko to niweczy w zasadzie stosowanie instytucji przedawnienia do zapłaconej kwoty podatku.
Organy podatkowe argumentowały ponadto, że weryfikacja w czasie nieograniczonym zapłaconej kwoty podatku po upływie terminu przedawnienia może być korzystna dla podatników. Organ po tym okresie może bowiem zweryfikować tę wielkość jedynie na korzyść podatnika. Pozostała część zobowiązania, tj. do części niezapłaconej, wygasła przecież na skutek przedawnienia. Teza ta, mimo że prowadziła do rozróżnienia skutków prawnych w stosunku do podatku zapłaconego, dając fiskusowi możliwość jego weryfikacji w każdym czasie, oraz niezapłaconego, który po upływie terminu przedawnienia, był nie do ruszenia, znalazło odzwierciedlenie w części wyroków sądów administracyjnych, na czele ?z orzeczeniem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 26 marca 2010 r. (II FSK 1716/08).
W kontrze do w/w tez organów podatkowych i niektórych sądów administracyjnych ukształtował się pogląd opozycyjny. Zgodnie z nim organy podatkowe nie mogą orzekać ?o wysokości zobowiązania podatkowego wbrew interesowi ?i woli podatnika, jeżeli decyzja organu pierwszej instancji wydana została przed upływem terminu przedawnienia, w następstwie czego podatnik, który z obawy przed ewentualnym naliczaniem odsetek za zwłokę zapłacił podatek wynikający ?z decyzji (nieostatecznej, a tym samym niewykonalnej). Odwołując się od tej decyzji, organ odwoławczy nie zdążył nawet orzec przed upływem terminu przedawnienia. Zgodnie z tym poglądem fiskus powinien ?w takim przypadku umorzyć postępowanie podatkowe jako bezprzedmiotowe na podstawie art. 208 § 1 o.p. Niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie, czy przed zapłatą podatku. Pogląd taki najsilniej zaakcentował NSA w uchwale 7 sędziów Izby Finansowej NSA ?z 3 grudnia 2012 r. (I FPS 1/12), a także w wyroku z 21 grudnia 2011 r. (I GSK 749/10 i I GSK 750/10).