W ustawach podatkowych (o PIT i CIT) wprowadzono regulację, która określa skutki podatkowe po stronie kosztów uzyskania przychodów. Znajdzie ona zastosowanie w przypadku naruszenia obowiązku, który wynika ze znowelizowanego przepisu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej (określającego limit wartości transakcji między przedsiębiorcami).
Zmiany te polegają na:
1. wyłączeniu możliwości zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów kosztu w tej części, w jakiej kwota płatności dotycząca transakcji określonej w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej została dokonana bez pośrednictwa rachunku płatniczego, albo
2. obowiązku dokonania zmniejszenia kosztów uzyskania przychodów (zwiększenia przychodów w przypadku braku możliwości zmniejszenia kosztów) w tej części, w jakiej kwota płatności dotycząca transakcji określonej w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej została dokonana bez pośrednictwa rachunku płatniczego – w przypadku transakcji odnoszącej się do kosztu zaliczonego uprzednio do kosztów uzyskania przychodów. W tym przypadku zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów (zwiększenie przychodów) będzie dokonywane w miesiącu dokonania płatności z pominięciem rachunku płatniczego.
Ministerstwo Finansów zwraca uwagę, że wprowadzane od 1 stycznia 2017 r. przepisy podatkowe odwołują się do pojęcia „płatności", wynikającej z transakcji (o której mowa w art. 22 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej), a zatem obejmują wyłącznie wskazany w nich sposób regulowania zobowiązania, tj. poprzez dokonywanie zapłaty. Regulacje te zatem nie znajdą zastosowania do innych form regulowania (wygasania) zobowiązań, które ze swojej istoty nie mają charakteru płatności i nie są związane z rachunkiem płatniczym. W związku z tym formy uregulowania zobowiązań takie jak m.in. kompensata (potrącenie), czy wymiana barterowa nie są objęte omawianymi przepisami. Jakkolwiek dochodzi wówczas do uregulowania (wygaśnięcia) zobowiązania, to jednak strony umowy nie dokonują „płatności", które mogłyby być objęte zakresem tych regulacji.