Likwidacja majątku powinna być odpowiednio udokumentowana dla celów podatkowych oraz księgowych. Niezbędnym elementem jest sporządzenie protokołu likwidacji, w którym powinna się znaleźć obowiązkowo data likwidacji, jej przyczyna, a także wyszczególnienie ilości i rodzaju likwidowanego majątku wraz z podpisem osoby lub komisji dokonującej likwidacji. W niektórych stanowiskach organów skarbowych pojawia się także wymóg fizycznej likwidacji majątku jako jeden z koniecznych warunków rozpoznania strat jako kosztów podatkowych. Podobnie stwierdził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 12 lutego 2008 r. (I SA/Po1608/07): „strata wynikająca z wadliwości towaru jest oczywiście również kosztem uzyskania przychodu, wymaga jednak takiego samego udokumentowania jak każdy inny poniesiony koszt. (...) wydatek musi zostać faktycznie poniesiony w sensie realnym, tzn. że musi nastąpić uszczuplenie zasobów finansowych, z których wydatek jest dokonywany. Samo zaksięgowanie wadliwych towarów nie oznacza ich faktycznej likwidacji. Samo zakwalifikowanie w księgach towaru jako zlikwidowany nie oznacza, iż uległ on rzeczywiście likwidacji, gdyż dokumentem potwierdzającym likwidację nie są przecież polecenia księgowania. Zdarzeń gospodarczych nie można domniemywać, muszą być one wykazane".
W odniesieniu do strat w środkach obrotowych obowiązek ich udokumentowania nie wynika wprost z przepisów ustawy o CIT. Jednak przez lata ugruntowała się jasna praktyka związana z dokumentowaniem powstałych strat poprzez sporządzanie protokołów zawierających informacje o przyczynie powstania strat, wartości zniszczonych towarów oraz wykazaniu braku winy podatnika. Podobne stanowisko wyraził NSA w wyroku z 17 grud- nia 2012 r. (III SA 1152/01): „(...) Dlatego też sąd w niniejszym składzie podziela pogląd, że nie w każdej sytuacji straty w środkach obrotowych powinny być uznane za koszt uzyskania przychodów. Straty muszą być zawsze rzeczywiste i prawidłowo udokumentowane. (...) Skarżący uważa, że nie ma obowiązku udokumentowania strat, a przynajmniej z niczego on nie wynika. Należy w tym miejscu wskazać, że osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą obowiązane są prowadzić księgę przychodów i rozchodów (§ 1 rozporządzenia ministra finansów z 14 grudnia 1995 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów (...); obecnie obowiązuje rozporządzenie z 26 sierpnia 2003 r. – przyp. red.). Zapisy w księdze dokonywane są na podstawie dowodów (§ 8 ust. 1 cyt. rozporządzenia). Podatnik jest obowiązany prowadzić księgi prawidłowo, zarówno pod względem formalnym (niewadliwie), jak i materialnym (rzetelnie), a podstawą zapisów są dowody księgowe (§ 11 ust. 3 rozporządzenia). W świetle tego obowiązującego wówczas rozporządzenia zasada pisemności w dokumentowaniu zdarzeń gospodarczych nie budzi wątpliwości. To samo dotyczy osób prowadzących pełną rachunkowość (...)".
