Jak wynika z art.193 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=6122CBCBCF446732123BACFB8A357CA9?id=176376]ordynacji podatkowej [/link](op), księgi podatkowe uważa się za rzetelne, jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty, a za niewadliwe, gdy prowadzone są zgodnie z zasadami wynikającymi z odrębnych przepisów.
[srodtytul]Nieistotne wady[/srodtytul]
Na podstawie zapisów w księgach podatkowych podatnicy wyliczają podstawy opodatkowania a następnie podatki. Niektóre z nich, np. ewidencje środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, służą do gromadzenia zapisów mających bezpośredni wpływ na wysokość księgowanych kosztów, czyli na obniżanie podstawy opodatkowania. Co do zasady, jedynie księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów (art.193 § 1 op). Ale organ podatkowy uznaje jednak za dowód księgi podatkowe, które prowadzone są w sposób wadliwy, jeżeli wady nie mają istotnego znaczenia dla sprawy. Jeżeli więc zapisy w księdze nie są chronologiczne, ale dotyczą tego samego, właściwego okresu rozliczeniowego, to księga dotknięta taką wadą jest dowodem w rozumieniu op. Nie można więc jej pomijać w trakcie kontroli podatkowej czy też toczącego się postępowania podatkowego, określając podstawę opodatkowania i należny podatek.
[srodtytul]Kiedy organ może oszacować[/srodtytul]
Nierzetelność lub wadliwość ksiąg może spowodować, że organy podatkowe będą zmuszone do oszacowania podstawy opodatkowania. Zgodnie bowiem z art. 23 § 1 pkt 2 op organ podatkowy określa podstawę opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych nie pozwalają na jej określenie. Jeżeli jednak dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami zebranymi w toku postępowania podatkowego, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania, to należy ją określić na podstawie zebranych danych. Organ podatkowy dokonując oszacowania, musi zastosować jedną z wymienionych w op metod albo, gdy są one nieodpowiednie, oszacować podstawę opodatkowania w inny sposób. W każdym jednak przypadku musi uzasadnić wybór metody oszacowania, w tym przyczyny rezygnacji z metod ujętych w ustawie, oraz zmierzać do określenia podstawy opodatkowania w wysokości zbliżonej do rzeczywistej.