Jedną z najbardziej kontrowersyjnych zmian jest integracja strukturalna urzędów skarbowych i izb skarbowych, które staną się jednolitymi zakładami pracy dla urzędników.
Rząd motywuje to usprawnieniem działania aparatu skarbowego i oszczędzeniem na dublujących się stanowiskach. Zdaniem ekspertów jednak sytuacja, w której naczelnik urzędu skarbowego podlega organizacyjnie szefowi izby skarbowej, może naruszać zasadę dwuinstancyjności postępowania administracyjnego. Innymi słowy, decyzją w pierwszej instancji i odwołaniem od niej będzie się zajmował de facto ten sam urząd, co może utrudnić dochodzenie praw podatnikom.
Krytykują to zarówno sami skarbowcy, jak i przedsiębiorcy. NSZZ „Solidarność" pracowników skarbówki, powołując się na opinię prof. Huberta Izdebskiego z Uniwersytetu Warszawskiego, uważa, że to rozwiązanie jest wątpliwe w świetle art. 78 konstytucji, który przewiduje dwuinstancyjność postępowania.
– To krok w kierunku likwidacji określonego systemu organizacyjnego tworzącego administrację podatkową w Polsce, która do tej pory była budowana z poszanowaniem zasady dwuinstancyjności – ocenia Mariusz Korzeb, ekspert ds. podatkowych Pracodawców RP.
Decyzją i odwołaniem od niej ma się zajmować de facto ten sam urząd
