Zgodne z art. 49d ust. 2 w zw. z art. 59g prawa budowlanego, do opłaty legalizacyjnej stosuje się przepisy dotyczące kar (ma ona charakter sankcyjny). Organ nadzoru budowlanego, w przypadku gdy budowa nie została zakończona, po wniesieniu opłaty legalizacyjnej zezwala na dokończenie budowy. W przypadku natomiast nieuiszczenia w terminie tej opłaty, organ nadzoru budowlanego nakazuje rozbiórkę obiektu budowlanego będącego w budowie lub wybudowanego bez wymaganego pozwolenia na budowę, bądź bez wymaganego zgłoszenia dotyczącego budowy (art. 49 ust. 4 pkt 2 i art. 49e pkt 5 prawa budowlanego).