Z informacji NIK wynika, że Inspekcja Weterynaryjna oraz Inspekcja Transportu Drogowego ujawniły nieprawidłowości w co piątej ubojni oraz w co setnym pojeździe przewożącym zwierzęta. Nadzór nad transportem specjalistycznym zwierząt gospodarskich oraz ich ubojem w rzeźniach sprawowano właściwie. Ograniczony był natomiast nadzór nad przestrzeganiem prawa o ochronie zwierząt w gospodarstwach - ubój gospodarczy pozostawał tam praktycznie poza kontrolą, a nadzór nad transportem zwierząt przez rolników był marginalny. Wciąż także nie uregulowano kwestii przyznawania certyfikatów kwalifikacji dla uśmiercających zwierzęta ani przepisów dotyczących uboju bez ogłuszania.
Izba podjęła kontrolę z uwagi na ujawnione przez Inspekcję Weterynaryjną i organizacje pozarządowe przypadki naruszania dobrostanu zwierząt w transporcie i uboju.
NIK zwraca uwagę, że Inspekcja Weterynaryjna nie sprawowała nadzoru nad ubojem gospodarczym, czyli prowadzonym w gospodarstwach na użytek własny. Główny Lekarz Weterynarii nie miał informacji o skali tego uboju ani o jego kontrolach dokonywanych przez lekarzy weterynarii. Powiatowi lekarze weterynarii praktycznie nie kontrolowali zgłoszonych ubojów gospodarczych (z 17 skontrolowanych jedynie dwóch przeprowadzało pojedyncze kontrole), nie znali zatem zakresu stosowania przepisów o ochronie zwierząt, zakresu rejestracji ubojów ani kwalifikacji osób przeprowadzających ubój. NIK zwraca uwagę, że pomimo obowiązku, hodowcy informowali powiatowych lekarzy weterynarii tylko o niektórych planowanych ubojach gospodarskich. Często zdarzało się także, że zawiadomienia przekazywano z opóźnieniem i niekompletne: nie zawierały one np. adresu gospodarstwa, terminu planowanego uboju, gatunku, czy też liczby zwierząt.
W ocenie NIK nadzór administracji nad dobrostanem zwierząt podczas uboju gospodarczego był niewystarczający. NIK wskazuje, że wciąż brakuje jednolitych standardów uboju - niezależnych od skali i miejsca jego prowadzenia.
NIK zwraca uwagę, że nowym, aktualnym regulacjom nie zostały też poddane kwalifikacje osób uśmiercających zwierzęta, wymagające, by nie wywoływać u zwierząt niepotrzebnych cierpień, choć Polska miała trzy lata (do 1 stycznia 2013 r.) na wprowadzenie odpowiednich przepisów. Nie uczyniono tego także po tej dacie. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi nie zareagował na monity Głównego Lekarza Weterynarii w tej sprawie.