Jak wynika z art. 90 ust. 2 ustawy o VAT, jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w art. 90 ust. 1 ustawy o VAT (tj. kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje), to podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem art. 90 ust. 10 ustawy o VAT.
Co do zasady proporcję, zwaną także współczynnikiem lub strukturą sprzedaży, ustala się na podstawie obrotów za rok poprzedni zgodnie z art. 90 ust. 3 – 6 i 9a ustawy o VAT >patrz ramka.
Protokół sporządzony z naczelnikiem
Ustawa o VAT przewiduje szczególne przypadki, w których tzw. proporcja wstępna ustalana jest nie wedle struktury sprzedaży, lecz szacunkowo, jako prognoza ustalona w formie protokołu z naczelnikiem urzędu skarbowego. Dotyczy to przypadków, gdy podatnik w poprzednim roku podatkowym:
- nie osiągnął obrotu,
- kwota obrotów jest niewielka albo