W dalszej kolejności gmina złożyła skargę na wydaną interpretację i wniosła o jej uchylenie. WSA w Gliwicach wyrokiem z 17 lutego 2016 r. (III SA/Gl 1188/15) uchylił zaskarżoną interpretację, powołując się m.in. na wyrok TSUE z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 Gmina Wrocław. Sąd uznał w wydanym wyroku, że gmina ma prawo do odliczenia VAT z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji z uwagi na to, że inwestycje te były następnie wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej VAT przez jednostkę organizacyjną gminy. Zgodnie z orzeczeniem - w myśl wyroku TSUE –nie można uznać, że samorządowy zakład budżetowy wykonuje działalność gospodarczą we własnym imieniu, na własny rachunek i własną odpowiedzialność, a w związku z tym realizowana przez niego sprzedaż opodatkowana VAT powinna zostać uznana za czynności opodatkowane gminy. Minister finansów został zobowiązany wyrokiem do wydania interpretacji zgodnej z jego wykładnią, a więc przyznającej gminie prawo do odliczenia zarówno od wydatków bieżących, jak i inwestycyjnych. W rezultacie, 17 sierpnia 2016 r. została wydana omawiana interpretacja powtarzająca tezy orzeczenia sądu.
Komentarz eksperta
Joanna Perzanowska-Kuśnierek, menedżer w Zespole Podatków Pośrednich w Dziale Doradztwa Podatkowego EY.
Problematyka prawa do odliczenia VAT od wydatków poniesionych na infrastrukturę wodno-kanalizacyjną, w sytuacji przekazania inwestycji do gminnej jednostki organizacyjnej (zakładu budżetowego lub jednostki budżetowej) jest kwestią dosyć powszechną wśród gmin i miast w całej Polsce.
Praktyka podatkowa w tym zakresie zmieniała się w ciągu ostatnich lat, przesuwając się w stronę wykładni korzystnej dla jednostek samorządu terytorialnego. Początkowo, w celu odliczenia VAT od wydatków inwestycyjnych oraz bieżących, jednostki samorządu terytorialnego podpisywały ze swoimi zakładami lub jednostkami budżetowymi umowy dzierżawy infrastruktury albo umowy usług usługi przesyłu wody oraz ścieków bytowo-gospodarczych. W konsekwencji, gminy wystawiały na rzecz swoich jednostek organizacyjnych faktury VAT dokumentujące ww. czynności opodatkowane, w związku z czym przysługiwało im – w całości lub w części - prawo do odliczenia VAT od poniesionych wydatków.
Momentem przełomowym dla tej praktyki była wydana 24 czerwca 2013 r. uchwała NSA (I FPS 1/13). Zgodnie z jej rewolucyjną na tamten moment tezą, gminne jednostki budżetowe nie powinny być traktowane jako odrębni od jednostek samorządu terytorialnego podatnicy VAT. Tego typu interpretacja przepisów ustawy o VAT, oznacza, że jednostce samorządu terytorialnego przysługuje prawo do odliczenia VAT od zakupów dotyczących czynności opodatkowanych, wykonywanych przez jej jednostkę budżetową. Praktyka ta początkowo nie była respektowana przez organy podatkowe, jednak została dość szybko rozciągnięta przez sądy administracyjne na zakłady budżetowe gmin.
Wyżej wymienioną uchwałę potwierdził ostatecznie wyrok TSUE z 29 września 2015 r. w sprawie Gminy Wrocław, w którym sąd unijny odmówił jednostkom budżetowym statusu podatnika VAT. Niecały miesiąc później, NSA uchwałą z 26 października 2015 r. (I FPS 4/15) potwierdził zastosowanie takiej praktyki również do gminnych zakładów budżetowych. Na tym gruncie wydana została omawiana interpretacja.
