Uwaga! Skarga do ETPC może dotyczyć wyłącznie zarzutów naruszenia któregoś z postanowień EKPC lub jej protokołów. Dlatego też nie będzie wystarczające powołanie się przez podatnika na naruszenie prawa krajowego, jeżeli naruszenie to nie spowodowało jednocześnie naruszenia EKPC.
Podatnicy składający skargi do ETPC najczęściej powołują się na zarzut naruszenia art. 1 Protokołu nr 1 do EKPC, zgodnie z którym każda osoba fizyczna i prawna ma prawo do poszanowania swego mienia.
W tym przypadku terminu „mienie" nie należy jednak interpretować zbyt wąsko. Na gruncie EKPC pojęcie „mienia" ma bowiem znaczenie autonomiczne i nie ogranicza się do własności rzeczy. Za mienie mogą być uważane również niektóre inne prawa i korzyści majątkowe. Pojęcie to odnosi się to zarówno do istniejącego mienia, jak i do wartości majątkowych, w tym także wierzytelności i roszczeń, w związku z którymi dana osoba może twierdzić, że ma przynajmniej uprawnione oczekiwanie ich realizacji. Mogą to być również wierzytelności lub roszczenia o charakterze publicznoprawnym. Roszczenie można uznać za mienie, jeśli jest dostatecznie dowiedzione i ma podstawę w przepisie prawnym albo solidną podstawę w krajowym orzecznictwie. Przykładem może być wyrok 53080/13 w sprawie Béláné Nagy v. Węgry, w którym ETPC podsumował dotychczasowy rozwój orzecznictwa w kwestii „uprawnionego oczekiwania", stwierdzając, że uznanie istnienia mienia, z którym związane jest uprawnione oczekiwanie, wymaga posiadania przez skarżącego dającego się potwierdzić prawa rzeczywiście stanowiącego – zgodnie z prawem krajowym – wystarczająco ustalony i konkretny interes majątkowy.
Podatnicy, którzy składają skargę do ETPC, w sprawach podatkowych, powołują się też na zarzut naruszenia art. 6 EKPC, który ustanawia prawo do sprawiedliwego i publicznego rozpatrzenia jego sprawy w rozsądnym terminie przez niezawisły i bezstronny sąd. Zatem jeżeli podatnik ma wątpliwości co do poprawności proceduralnej procesu rozpatrywania jego sprawy, powinien powołać się na art. 6 EKPC.
Przykładem zarzutu opartego na tym przepisie jest sprawa Aloizy Formela vs. Polska, w której polski podatnik zarzucił naruszenie art. 6 EKPC przez Polskę, gdyż uważał, że zastosowana przez polski organ podatkowy procedura szacowania zobowiązania podatkowego była niesprawiedliwa. W zapadłym w tej sprawie orzeczeniu nr 31651/08 ETPC nie podzielił jednak zastrzeżeń polskiego podatnika w tym zakresie.
Zdarza się, że podatnicy, w skargach składanych do ETPC, zarzucają państwom, których są obywatelami, naruszenie art. 14 EKPC, który ustanawia, że korzystanie z praw i wolności wymienionych w EKPC powinno być zapewnione bez dyskryminacji wynikającej z takich powodów, jak płeć, rasa, kolor skóry, język, religia, przekonania polityczne i inne, pochodzenie narodowe lub społeczne, przynależność do mniejszości narodowej, majątek, urodzenie bądź z jakichkolwiek innych przyczyn.