Przed wydaniem decyzji zwrotowej właściwa instytucja ma obowiązek wszcząć postępowanie administracyjne i zawiadomić o tym beneficjenta, który ma możliwość, aktywnego uczestnictwa w postępowaniu zwrotowym w celu obrony swoich interesów oraz wpływania na ustalenia organu w zakresie stanu faktycznego. Beneficjent ma prawo do czynnego udziału w toku całego postępowania zwrotowego, w tym prawo inicjatywy dowodowej oraz możliwość wypowiedzenia się co do zebranego w sprawie materiału dowodowego. Zgodnie z art. 78 § 1 KPA żądanie strony dotyczące przeprowadzenia dowodu należy uwzględnić, jeżeli przedmiotem dowodu jest okoliczność mająca znaczenie dla sprawy. Z perspektywy beneficjenta istotne jest, że decyzja w sprawie zwrotu środków musi zawierać wszystkie elementy właściwe dla decyzji administracyjnej wskazane w art. 107 § 1 KPA, w szczególności uzasadnienie faktyczne i prawne oraz pouczenie o trybie odwoławczym.