Abu Zubajda twierdzi, że po kilku miesiącach wraz z innym więźniem - Saudyjczykiem Abd al-Rahimem al-Nashirim - został przewieziony do jednego z tzw. czarnych miejsc CIA w Starych Kiejkutach, gdzie miał przebywać od 5 grudnia 2002 roku do 23 września 2003 roku.
Następnie był więziony w innych tajnych więzieniach CIA w różnych państwach, w tym w latach 2005-2006 na Litwie. Władze litewskie pozwał do ETPC w osobnym powództwie. Od 2006 roku przebywa w Guantanamo. Władze USA nie twierdzą już, że był członkiem Al-Kaidy, ani nawet, że wiedział o operacjach tej organizacji. Jest więziony, choć nie postawiono mu zarzutów.
W 2011 r. adwokaci al-Nashiriego - osadzonego w bazie Guantanamo, twierdzącego, że był więziony także w Polsce - zaskarżyli do Strasburga "przewlekłość i nieefektywność polskiego śledztwa". Amerykanie uznają al-Nashiriego za sprawcę ataku terrorystycznego na okręt amerykańskiej marynarki wojennej USS Cole w 2000 r. w Jemenie. Zapowiedziano, że prokuratorzy będą się domagali dla niego kary śmierci. Al-Nashiri został schwytany w Dubaju dwa lata po zamachu, przewieziony do aresztu w Afganistanie i w Tajlandii.
Według doniesień AP w grudniu 2002 r. al-Nashiri był w tajnym więzieniu w Polsce - zaledwie kilka dni po jego otwarciu. Al-Nashiri miał być przetrzymywany na terenie Polski od 5 grudnia 2002 r. do 6 czerwca 2003 r. W trakcie przesłuchań prowadzonych w tym okresie dochodzić miało do sytuacji naruszających prawa mężczyzny. Oprócz Saudyjczyka Abd al-Rahim al-Nashiriego drugim pokrzywdzonym w śledztwie jest inny domniemany więzień CIA z Polski Palestyńczyk Abu Zubaida.
Domniemanie, że w Polsce - i kilku innych krajach europejskich - mogą być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja Human Rights Watch. Według niej takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Polscy politycy, m.in. ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski oraz premierzy, wielokrotnie zaprzeczali, by takie więzienia w Polsce istniały. Z informacji Straży Granicznej wynika, że od grudnia 2002 do września 2003 r. siedmioma samolotami gulfstream (używanymi m.in. przez CIA) przywieziono do Szyman 20 osób z Afganistanu, Dubaju i Maroka.
