Ulga na działalność badawczo-rozwojową polega na pomniejszeniu podstawy opodatkowania o część (procentową) wydatków poniesionych na działalność badawczo-rozwojową, czyli tzw. koszty kwalifikowane. Rozliczenie ulgi wymaga zatem obliczania tej kwoty poprzez: wyodrębnienie z całości kosztów przedsiębiorcy kosztów kwalifikowanych, ustalenie czy nie zachodzą podstawy do wyłączenia niektórych kosztów (w części bądź w całości), określenie właściwych limitów procentowych i ostatecznie właściwe zadeklarowanie obliczonych kwot. W rezultacie przedsiębiorca może wykorzystać podatkowo dany koszt w np. 150 proc. – tj. najpierw ujmując go jako koszt uzyskania przychodu (100 proc.), a następnie odpisując od obliczonej już podstawy opodatkowania (będącej na ogół po prostu dochodem tego podatnika) 50 proc. tego samego wydatku. Jednocześnie należy pamiętać, że ciąży na nim odpowiedzialność za właściwą kalkulację kosztów, które zamierza wykorzystać w ramach ulgi na działalność badawczo-rozwojową. Tym samym więc bardzo istotne jest prawidłowe przeprowadzenie wszystkich czynności, które prowadzą do obliczenia przysługującej kwoty.
Wyodrębnianie kosztów w ewidencji
Ustawa o CIT nakłada na podatników, którzy zamierzają skorzystać z ulgi, obowiązek wyodrębnienia kosztów działalności badawczo-rozwojowej w prowadzonej przez nich ewidencji. Jednak nie precyzuje przy tym wymagań co do sposobu takiego wyodrębnienia kosztów. W konsekwencji, przyjmuje się, że wystarczy ujęcie tych kosztów w odrębnej ewidencji pomocniczej prowadzonej dla celów rachunkowych (np. na kontach pozabilansowych do ksiąg pomocniczych; por. interpretację indywidualną Izby Skarbowej w Poznaniu z 26 stycznia 2017 r., 3063- ILPB2.4510.265.2016.1.AO). Ważne jest tylko, aby zastosowany sposób wyodrębnienia umożliwiał zidentyfikowanie kosztów kwalifikowanych, dających prawo do skorzystania z ulgi, w kwocie odpowiedniej dla danej kategorii.
Nie jest jasne, czy wyodrębnienie musi polegać na bieżącym prowadzeniu odrębnej ewidencji, czy może to nastąpić nawet po zakończeniu roku podatkowego. Brzmienie regulacji ustawy o CIT sugeruje to drugie, korzystniejsze rozwiązanie. W interpretacji indywidualnej Izby Skarbowej w Katowicach z 21 listopada 2016 r. (2461-IBPB-1-2.4510.933.2016.1.BG) organ potwierdził, że koszty kwalifikowane mogą być wyodrębnione w ewidencji prowadzonej za rok podatkowy, a nie za okresy miesięcznie. Należy jednak mieć na względzie, że wyodrębnienie pewnych kosztów bez prowadzenia w trakcie roku odrębnej ewidencji może być utrudnione lub nawet niemożliwe.
Zwrócone koszty nie są kwalifikowane
Ustawodawca zastrzegł, że koszty kwalifikowane podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie. Może to dotyczyć dofinansowania np. w formie dotacji czy subwencji. Częściowe dofinansowanie wydaje się natomiast nie wykluczać możliwości skorzystania z ulgi od pozostałej części wydatków, tj. tej, której ciężar ekonomiczny ponosi podatnik. Stanowisko takie potwierdziła Izba Skarbowa w Warszawie w interpretacji indywidualnej z 31 marca 2016 r. (IPPB5/4510-104/16-2/MR).
Pewne wątpliwości mogą budzić rozliczenia z marżą części lub całości kosztów działalności badawczo-rozwojowej, np. w relacjach z podmiotem, który korzysta w wyników takich prac. Rozliczenie takie nosi bowiem cechy przejęcia ciężaru kosztów, podobnie jak ma to miejsce w przypadku zwrotu kosztów. W takiej sytuacji należy jednak przyjąć, że następuje zapłata za przedmiot tran- sakcji zawartej pomiędzy stronami, a nie zwrot kosztów. Stanowisko takie potwierdziła Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacji indywidualnej z 22 czerwca 2016 r. (IBPB-1-2/4510-281/16/KP).