Od 1 stycznia 2017 r. obowiązuje centralizacja rozliczeń VAT w jednostkach samorządu terytorialnego (JST). Podstawą tych zmian jest ustawa z 5 września 2016 o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego, tzw. ustawa centralizująca >patrz ramka. Samorządy stanęły przed ogromnym wyzwaniem organizacyjnym. Musiały przeorganizować swoje struktury na nowo i dostosować je w taki sposób, aby konsolidacja rejestrów VAT nastąpiła już w odpowiedniej jednostce, wydziale, referacie odpowiedzialnym za centralne rozliczenie VAT.
Odpowiedzialność burmistrza
Następnym wyzwaniem postawionym przed JST jest odpowiedzialność. Zgodnie z artykułem 4 ustawy centralizującej: „Jednostka samorządu terytorialnego, której jednostki organizacyjne rozliczały się jako odrębni podatnicy, wstępuje z dniem podjęcia rozliczania podatku wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi we wszystkie przewidziane w przepisach dotyczących podatku prawa i obowiązki jednostek organizacyjnych."
Prezydenci, burmistrzowie, marszałkowie ponoszą odpowiedzialność za składane deklaracje, za ich jakość oraz zgodność z przepisami. W dużych miastach czy województwach, przy bardzo złożonych strukturach i przy dużej ilości jednostek organizacyjnych problem odpowiedzialności staje się kluczowy.
Centralizacja rozliczeń spowodowała również relokację zasobów ludzkich. Należałoby przesunąć pracowników do zespołu, który będzie odpowiedzialny za rozliczenie VAT lub nawet zatrudnić nowych pracowników.
Przygotowanie merytoryczne kadr
Następnym wyzwaniem postawionym przed JST jest odpowiednie przygotowanie merytoryczne kadr do nowych zasad. Dotyczy to wspomnianych zespołów ds. VAT oraz pracowników jednostek organizacyjnych. Szczególnie pracownicy jednostek organizacyjnych JST mogą w tym zakresie nie posiadać odpowiednich kompetencji, ponieważ do tej pory nie rozliczano VAT w tych jednostkach.