Szpital (podatnik VAT czynny) prowadzi badania kliniczne, które mają na celu w szczególności weryfikację skuteczności i bezpieczeństwa stosowania nowego preparatu leczniczego, nowego wyrobu medycznego lub nowej procedury medycznej. Stronami umów o przeprowadzenie badania klinicznego są: szpital, sponsor (firma odpowiedzialna za podjęcie, prowadzenie i finansowanie badania klinicznego), główny badacz (lekarz posiadający właściwe kwalifikacje, doświadczenie i wiedzę, niezbędne do przeprowadzenia badania klinicznego).
Badanie kliniczne jest usługą długotrwałą, jej czas trwania nie jest precyzyjnie określony, przy czym badanie kliniczne może trwać od roku do nawet kilkunastu lat. Stąd strony ustaliły w umowie, że usługa będzie przyjmowana częściowo aż do zakończenia badań klinicznych. Zgodnie z umową usługi są przyjmowane i rozliczane finansowego za okresy 3 miesięczne. Główny badacz i szpital mają przeprowadzić badania na podstawie protokołu (instrukcji) badania klinicznego. W wyniku przeprowadzonego badania gromadzone są dane o charakterze medycznym (m.in. wyniki badań diagnostycznych), populacyjnym (m.in. dane epidemiologiczne), statystycznym (np. dane demograficzne), ekonomicznym (np. koszt udzielanych świadczeń). Wysokość wynagrodzenia należnego szpitalowi za wykonane badanie kliniczne uzależniona jest, m.in. od liczby pacjentów i odbytych przez nich wizyt. Główny badacz na bieżąco, po każdej wizycie pacjenta, przesyła sponsorowi wyniki badania, uzupełniając formularz – raport. Sponsor weryfikuje przeprowadzone badania pod kątem prawidłowości ich wykonania zgodnie z procedurami. Tylko prawidłowe zweryfikowane i zatwierdzone przez sponsora badania kliniczne procedury stanowią podstawę do ustalenia wynagrodzenia dla szpitala i głównego badacza. Wynagrodzenie jest ustalane i płatne z dołu w okresach trzymiesięcznych (okres rozliczeniowy), w terminie 30 dni od daty otrzymania przez sponsora faktury wystawionej przez szpital. Po akceptacji zestawienia przez głównego badacza szpital dokonuje finalnego zatwierdzenia zestawienia jako podstawy do wyliczenia należnego wynagrodzenia i wystawienia faktury. W jakim terminie należy rozpoznać obowiązek podatkowy z tytułu wykonania tych badań klinicznych?– pyta czytelnik.