Miasto jest czynnym, zarejestrowanym podatnikiem VAT. Od 1 stycznia 2014 r. rozlicza ten podatek łącznie ze wszystkimi miejskimi jednostkami budżetowymi, wśród których są m.in. przedszkola realizujące zadania własne w zakresie edukacji publicznej. Pobyt i nauczanie dzieci w przedszkolach do godziny 13 są finansowane wyłącznie z budżetu. Finansowanie pobytu dziecka po tej godzinie odbywa się na podstawie porozumienia zawartego z rodzicami dziecka. Rodzice ponoszą także opłaty z tytułu korzystania przez dzieci z wyżywienia (śniadanie, obiad, podwieczorek). Wysokość stawki żywieniowej ustala dyrektor przedszkola w porozumieniu z organem prowadzącym. Do opłaty wnoszonej za korzystanie z posiłków nie wlicza się wynagrodzeń pracowników i składek oraz kosztów utrzymania stołówki. To oznacza, że obejmuje ona jedynie koszt surowców użytych do przygotowania posiłków (tzw. wsad do kotła). Opłata za stawkę żywieniową podlega zwrotowi za każdy dzień nieobecności dziecka w przedszkolu. Aktualnie przedszkola wykazują opiekę i nauczanie dzieci po godz. 13 jako świadczenie usług zwolnionych od podatku, a korzystanie przez nie z posiłków jako zwolnioną z VAT dostawę towarów.
Miasto zapytało czy takie rozliczenie opisanych czynności jest prawidłowe, czy może jednak w tym zakresie prowadzi działalność gospodarczą podlegającą VAT.
Fiskus nie potwierdził prawidłowości praktyki miasta. Stwierdził, że w przedszkolach świadczone są, na podstawie umów cywilnoprawnych zawartych z rodzicami, odpłatne usługi wychowania przedszkolnego. Zatem wykonuje się w nich czynności wskazane w art. 5 ust. 1 ustawie o VAT. W ocenie urzędników usługi stołówek oraz pobyt i nauczanie dzieci w przedszkolach po godz. 13 są odpłatne, nawet jeśli wysokość opłaty jest narzucana ustawowo i nie jest rynkowa. Skoro istnieje bezpośredni związek pomiędzy płatnością a świadczoną w przedszkolu usługą, to miasto – co do zasady – jest podatnikiem VAT. W konsekwencji, opłaty za usługi żywieniowe w przedszkolach oraz opłaty za pobyt i nauczanie dzieci w przedszkolach po godz. 13 podlegają opodatkowaniu VAT. Spełniają jedynie przesłanki uznania ich za czynności zwolnione.
Samorządowcy nie zgadzali się z taką wykładnią przepisów. I mieli rację. Najpierw ich skargę uwzględnił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu. Ostatecznie stanowiska fiskusa nie zaakceptował Naczelny Sąd Administracyjny.
Sąd kasacyjny zauważył, że w ustawie o VAT nie zdefiniowano pojęć „organy władzy publicznej" i „urzędy obsługujące te organy". Za organ władzy publicznej w ramach samorządu terytorialnego należy uznać jednostki tego samorządu, tzn. gminę, powiat i samorząd województwa. Natomiast do „urzędów obsługujących te organy" należy zaliczyć wszelkie jednostki zajmujące się tymi zadaniami. Będą to między innymi urzędy jednostek samorządu terytorialnego. Organy oraz urzędy publiczne nie są uznawane za podatników w zakresie wykonywanych zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, dla realizacji których zostały one powołane. Załatwianie przez organy spraw urzędowych nie podlega, co do zasady, VAT, gdyż wówczas podmioty te nie działają jako podatnicy.
