W pierwszych scenach do drzwi domu starego dziwaka Thomasa Nickersona puka młody pisarz. Chce zapłacić niemałą sumę za jego wspomnienia. Nickerson jako czternastoletni chłopiec zaciągnął się na statek „Essex" i razem z 20 marynarzami wyruszył na połów wielorybów. Nigdy dotąd nie opowiadał o tym, co przeżył na oceanie. Tym razem do rozmowy z przybyszem przekonuje go żona.
„Ta wyprawa to historia dwóch ludzi – kapitana George'a Pollarda i pierwszego oficera Owena Chase'a – zaczyna swoją opowieść Nickerson.
„Essex" wypłynął ze słynnej wyspy wielorybników i żeglarzy Nantucket w listopadzie 1820 roku. Na pokładzie dochodziło do spięć między dobrze urodzonym, ale mało znającym się na fachu kapitanem a znakomitym poławiaczem, który czuł się zawiedziony brakiem awansu na dowódcę.
Na Pacyfiku, gdy byli w odległości około dwóch tysięcy mil od wybrzeży Ameryki Południowej, „Essex" został zaatakowany przez wielkiego kaszalota. Łajba zatonęła, a marynarze przez 90 dni dryfowali w szalupach na wodach oceanu, kolejno przegrywając z chłodem, głodem i kaszalotem, który nie zamierzał zaprzestać ataków. Ostatni, żeby przetrwać w maleńkiej łupinie, dopuścili się rzeczy potwornej – kanibalizmu.
Scenariusz „W samym sercu morza" opiera się na książce Nathaniela Philbricka, która zresztą również właśnie ukazała się w polskich księgarniach. Młodym pisarzem, który przychodzi do Nickersona, jest Herman Melville. Ale Philbrick i reżyser, stary wyjadacz Ron Howard, choć wprowadzili na ekran autora „Moby Dicka", w rzeczywistości poszli innym tropem niż on.
