Związek Zawodowy Prokuratorów i Pracowników Prokuratury RP w swoim "Apelu o poszanowanie niezależności prokuratory" podkreśla, że na szczególną dezaprobatę środowiska prokuratorskiego zasługuje fakt, iż to Prokurator Generalny, który winien być pierwszym strażnikiem niezależności formułuję propozycje, stanowiące w istocie zagrożenie dla niezależności prokuratorów prowadzących postępowania przygotowawcze. Jest to tym bardziej niepokojące, że autorem tych propozycji jest były sędzia, a zatem osoba dla której poszanowanie gwarancji niezależności winno pozostawać najwyższym priorytetem.
W ocenie prokuratorów skupionych wokół największej organizacji przedstawicielskiej działającej w prokuraturze powszechnej, skuteczne zwalczanie przestępczości wymaga wręcz rozbudowywania gwarancji niezależności, a nie jak to czyni Prokurator Generalny ich eliminowania lub wręcz zwracania się do polityków o ich istotną redukcję.
Podkreślenia wymaga fakt, iż jednym z największych osiągnięć reformy rozdzielającej urzędy Ministra Sprawiedliwości i Prokuratora Generalnego było wprowadzenie jako gwarancji niezależności zakazu wydawania poleceń, co do treści czynności procesowych.
Prokurator Generalny w swoim wystąpieniu do Prezesa Rady Ministrów domaga się wprowadzenia możliwości wydawania przez przełożonych prokuratorów polecenia zaniechania realizowanych lub planowanych czynności. Jest to istotny wyłom w tej fundamentalnej gwarancji niezależności. W praktyce tego rodzaju regulacja otworzyłaby ścieżkę do ingerencji w autonomię prokuratora prowadzącego śledztwo, w szczególności w sprawach o najwyższym ciężarze gatunkowym dotyczących osób usytuowanych blisko świata władzy publicznej, polityki oraz biznesu np. poprzez podejmowanie działań uniemożliwiających zbieranie dowodów i blokujących przebieg postępowań. W rezultacie regulacja ta, z wyłączeniem jakiejkolwiek kontroli zewnętrznej, a w szczególności kontroli niezawisłej władzy sądowniczej, otworzyła by drogę do subiektywnego blokowania postępowań przygotowawczych zgodnie z oczekiwaniami formułowanymi, czy to przez przedstawicieli świata polityki, czy środki masowego przekazu.
Ryzyko takie ocenić należy jako wysokie, zwłaszcza wobec zauważanej tendencji do wpisywania się w oczekiwania władzy wykonawczej w sytuacji wielomiesięcznego oczekiwania na zatwierdzenie sprawozdania Prokuratora Generalnego przez Prezesa Rady Ministrów.