O ile w przypadku typowych przedsiębiorców obciążenie takiej czynności VAT raczej nie budzi wątpliwości, o tyle zastosowanie tej regulacji do jednostek samorządu terytorialnego prowadzi do interesujących konkluzji.Mają one szczególny status na gruncie przepisów o VAT.
Zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy są podatnikami tylko w zakresie czynności dokonywanych na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych. Dlatego, co do zasady, jeśli wykonują jakieś zadania w reżimie publicznoprawnym na podstawie decyzji administracyjnej, to nie są podatnikami VAT w stosunku do takich działań.Ponieważ przeniesienie własności nieruchomości pod budowę drogi w zamian za odszkodowanie odbywa się na podstawie decyzji administracyjnej, wydaje się, że w takim wypadku gmina nie powinna działać jako podatnik VAT a tego rodzaju czynność pozostaje poza zakresem opodatkowania.
Stanowisko organów podatkowych i sądów administracyjnych jest jednak inne. Uznają one, że przeniesienie własności nieruchomości w tym wypadku podlega opodatkowaniu, ponieważ nie jest dokonywane w ramach zadań własnych lub zleconych jednostki samorządu terytorialnego (np. wyroki I SA/Bk 615/10, I SA/Wr 850/10).
Uznając, że taka czynność powinna być opodatkowana VAT, należy jeszcze ustalić podstawę opodatkowania. W omawianym wyroku sąd administracyjny poparł stanowisko organu podatkowego, który uznał, że kwota odszkodowania wypłacona gminie stanowi kwotę należną w rozumieniu art. 29 ust. 1 ustawy o VAT. Oznacza to, że w takim wypadku podatek zawarty jest w kwocie odszkodowania i powinien zostać wyliczoną metodą w stu.
Takie podejście jest prawidłowe, choć niekorzystne dla gminy. Opodatkowanie VAT odszkodowania wypłacanego za przeniesienie własności nieruchomości prowadzi do faktycznego zmniejszenia kwoty, którą gmina otrzymuje z tego tytułu. Jednocześnie organy dokonujące wywłaszczenia nie akceptują faktu opodatkowania VAT tych czynności i nie zwiększają kwoty odszkodowania.
W konsekwencji faktyczny ciężar podatku jest ponoszony przez jednostkę samorządu terytorialnego, a nie przez ostatecznego konsumenta, którym w tym wypadku jest organ odpowiedzialny za wywłaszczenie.
