Następnie na pomoc Abchazom przyszły bataliony Konfederacji Narodów Północnego Kaukazu, złożone ze świetnie uzbrojonych i wyszkolonych Czeczenów oraz Adygejczyków. W 2010 r. tygodnik „Argumienty i Fakty" ujawnił, że kluczową rolę w organizacji rosyjskiej pomocy odegrał również GRU. Pułkownik tej służby Anton Surikow zwerbował wcześniej „prostego bojownika o wolność" Szamila Basajewa, przyszłego dowódcę czeczeńskiego batalionu. Surikow, występujący „pod przykryciem" kaukaskiego patrioty Mansura Nathojewa, szkolił w Rosji abchaskie oddziały oraz kaukaskich bojowników. W porozumieniu z władzami Kraju Krasnodarskiego zorganizował także korytarz transportowy dla rosyjskich ochotników – kozaków kubańskich i separatystów z Naddniestrza. Nic dziwnego, że Surikow został nazwany „biologicznym ojcem abchaskiej niepodległości" i mianowany bohaterem tego nieuznawanego państwa. Podobny scenariusz wydarzeń rozegrał się na froncie południowoosetyjskim, z tym że GRU miał tam ułatwione zadanie. Rosyjscy oficerowie specnazu sformowali bowiem odpowiednie jednostki z rdzennych Osetyjczyków, zamieszkujących Osetię Północną wchodzącą w skład Federacji Rosyjskiej. Obie wojny zakończyły się klęską Gruzji i oderwaniem od jej terytorium dwóch prowincji. Poległo ok. 20 tysięcy osób, głównie cywilów, a liczba uchodźców sięgnęła 300 tysięcy. Moskwa zyskała jednak pozycję arbitra i gwaranta zamrożonych konfliktów, a w 2008 r. po sprowokowanej przez separatystów wojnie z Gruzją uznała niepodległość Abchazji i Osetii Południowej.
Jurczyki przeciwko Wowczykom
Podobną rolę odegrał GRU podczas krwawej wojny domowej w Tadżykistanie, która toczyła się w latach 1992–1997. O władzę w tej środkowoazjatyckiej republice walczyły elity postkomunistyczne oraz zjednoczona opozycja demokratyczna, do której przystąpiły także ugrupowania islamskie. Siły zbrojne postkomunistów składały się głównie z milicjantów i żołnierzy wojsk wewnętrznych MSW, dowodzonych przez byłych funkcjonariuszy republikańskiego KGB. Dlatego przylgnęła do nich nazwaj jurczyki, pochodząca od imienia byłego szefa tej służby Jurija Andropowa. Bojownicy opozycji wiązani propagandowo z wahabizmem, czyli radykalnym islamem, byli nazywani przez przeciwników wowczykami. W 1992 r., czyli okresie największego nasilenia walk, w przebieg wojny wmieszały się służby specjalne Rosji, które doprowadziły do politycznego zjednoczenia postkomunistów we Front Narodowy. Z formacji „Jurczyków" powstała Gwardia Narodowa zasilana bronią rosyjskiej 201. Dywizji stacjonującej w Tadżykistanie. Jednak szczególną rolę odegrała 15. Brygada specnazu GRU, którą w ramach podziału radzieckiej armii dostał sąsiedni Uzbekistan. Odział składał się z rosyjskiej kadry, dlatego na mocy dwustronnego porozumienia Rosja delegowała na Uzbekistan zadanie wsparcia „Jurczyków". Według relacji pułkownika 15. Brygady Aleksandra Musijenki, wydzielony batalion GRU przeniknął do Tadżykistanu – to rosyjscy komandosi zorganizowali postkomunistyczną armię. Na lidera Frontu Narodowego z całym rozmysłem wybrali kryminalistę Sangaka Safarowa, obdarzonego olbrzymim autorytetem wśród przemytników narkotyków, co podważyło wpływy opozycyjnej partyzantki wśród Tadżyków utrzymujących się z kontrabandy afgańskiej heroiny. Oficerowie GRU szkolili odziały „Jurczyków" w prowadzeniu wojny partyzanckiej, po czym zajęli kluczowe stanowiska doradcze w Ministerstwie Obrony Tadżykistanu.
Kropkę nad i postawił w latach 1995–1997 generał FSB Wiaczesław Uszakow, który w okresie radzieckim kierował kontrwywiadem KGB w tej radzieckiej republice. Dzięki swoim kontaktom Uszakow odegrał ogromną rolę w wynegocjowaniu warunków pokojowych między zwaśnionymi tadżyckimi klanami. Według oficjalnych danych w wojnie domowej zginęło 60 tys. Tadżyków, ale Rosja zachowała w tym kraju wpływy, a przede wszystkim bazy wojskowe i wydzielony zarząd ochrony pogranicza FSB, który nadzoruje granicę tadżycko-afgańską.
Pucz Surata Husejnowa
Ostatnim akordem otwartego wpływu GRU na sytuację polityczną WNP był antyprezydencki pucz w Azerbejdżanie, który miał miejsce w 1993 r. Jego bohater Surat Husejnow do rozpadu ZSRR był dyrektorem fabryki tekstylnej w Górskim Karabachu. Wraz z rozpoczęciem azersko-ormiańskiego konfliktu o ten region zamienił garnitur na mundur tak skutecznie, że jako jeden z nielicznych azerskich dowódców mógł się pochwalić sukcesami. Baku, które ponosiło klęskę za klęską, potrzebowało bohaterów, dlatego prezydent Abulfaz Elczibei mianował Husejnowa wicepremierem i przedstawicielem w Górskim Karabachu. Jednak ambicje tego ostatniego rosły i wywołały polityczny konflikt z prezydentem, który zakończył się marszem karabaskich brygad Husejnowa na Baku. Nie byłoby to możliwe bez GRU, który doprowadził do przekazania rosyjskiej broni w ręce buntownika. 104. Dywizja Powietrzno-Desantowa, która wycofywała się z azerskiego miasta Gindżu do Rosji, pozostawiła arsenały, a GRU zadbał, aby ich zawartość przejęli puczyści, a nie oddziały wierne prezydentowi. Czy jednak Husejnow wiedział, że jest trybikiem w rosyjskiej operacji specjalnej? Moskwa nie pałała bowiem sympatią do prezydenta Elczibeia i robiła wiele, aby jego urząd przejął były generał KGB i sekretarz KPZR Gajdar Alijew. Pod lufami zbuntowanych oddziałów Elczibei złożył dymisję, jego miejsce zajął protegowany Moskwy, a sam Husejnow objął tekę premiera. W 1994 r. wzniecił jednak ponowny bunt wojskowy w Ginadżu i został oskarżony przez Alijewa o próbę zamachu stanu. Tym razem Moskwa nie udzieliła Husejnowowi poparcia, choć po klęsce puczu uzyskał azyl polityczny w Rosji.
Wykorzystanie azerskiej diaspory w Rosji stanie się odtąd jednym z instrumentów nacisku na Baku. Z jednej strony Moskwa udziela poparcia obecnemu prezydentowi Azerbejdżanu Ilhamowi Alijewowi, synowi swojego protegowanego. Wyrazem tej polityki są m.in. głośne medialnie wizyty szefów SWR i Federalnej Służby Bezpieczeństwa w Baku przed wyborami prezydenckimi. Z drugiej strony rosyjskie służby specjalne sterują działalnością Rosyjskiego Kongresu Azerów, który wykorzystują do krytykowania tego samego Ilhama Alijewa. Oczywiście po uzyskaniu od Baku potwierdzenia lojalności wobec Rosji kongres udziela poparcia dynastii Alijewów.
Wrogowie i przyjaciele
Na przełomie wieków poradzieckie republiki WNP okrzepły na tyle, że niektóre z nich podjęły próbę uniezależnienia się od Rosji. Było to oczywiście związane z procesem rozszerzania na Wschód NATO i UE oraz amerykańską obecnością w Afganistanie. Moskwa zdała sobie wtedy sprawę, że GRU to zbyt mało. Dlatego już wcześniej Kreml utworzył kilka cywilnych służb specjalnych, które uzyskały prerogatywy wywiadu zagranicznego. Na przykład Federalna Służba Monitoringu Finansowego zajmuje się śledzeniem operacji pieniężnych i giełdowych w Rosji oraz za granicą. Dane o korupcyjnych dochodach prezydenta Kirgizji, Kurmanbeka Bakijewa, uzyskane przez RosFinMonitoring i upublicznione w 2010 r. przez rosyjskie media, walnie przyczyniły się do wywołania antyrządowych zamieszek i zmiany władzy w tym kraju. Bakijew, jakkolwiek skorumpowany, naraził się Rosji odmową usunięcia z Kirgizji amerykańskiej bazy wojskowej w mieście Manas. Z kolei Federalna Służba Kontroli Obrotu Narkotykami odpowiada za przeciwdziałanie kontrabandzie środków odurzających. Uzyskane przez FSKN informacje o masowym udziale tadżyckich i uzbeckich elit władzy w trafficu afgańskich narkotyków służą Rosji do podważania wiarygodności tych państw na arenie międzynarodowej. To oczywiście tylko przejawy całej sieci wyspecjalizowanych wywiadów Rosji oplatającej WNP, bo zarządy wywiadu posiadają także MSW, Federalna Służba Ochrony i kilka innych specjalnych agencji.